关于您提出的“同事关系证明是否可以是一个公司但不是一个部门的”这一问题，我可以给您一个清晰且详细的解答。

首先，我们需要明确“同事关系证明”的本质和用途。同事关系证明通常用于证明两个人在同一公司工作，存在同事关系，这在办理某些事务（如贷款、签证、租房等）时可能会被要求提供。

接下来，我们分析同事关系证明的核心要素。同事关系证明的核心在于证明两个人在同一公司工作，而并不特别强调他们是否在同一部门。因为，无论是在同一部门还是不同部门，只要两个人都在同一公司工作，他们之间就存在同事关系。

从实际操作的角度来看，许多公司在开具同事关系证明时，并不会特别注明同事所在的部门，而是会注明两人的姓名、职位、在公司的工作时间以及公司名称等基本信息，以证明两人之间的同事关系。这样的证明在大多数情况下都是被接受的。

当然，也存在一些特殊情况，比如某些机构或事务可能要求更详细的同事关系证明，包括同事所在的部门等信息。但这种情况并不普遍，且通常可以通过与开具证明的公司沟通，要求其提供更详细的证明来满足需求。

综上所述，同事关系证明可以是一个公司但不是一个部门的。只要证明能够清晰地表明两个人在同一公司工作，存在同事关系，那么它就是有效的。如果您需要开具这样的证明，建议您与所在公司的人力资源部门或相关负责人沟通，了解具体的开具流程和所需材料。