招标文件中是可以约定履约保证金的，以下是对此问题的详细解答：
一、法律层面分析
招标文件与合同的关系：
- 招标文件作为要约邀请，其内容对后续合同的签订具有重要影响。当中标通知书发出后，合同关系即告成立，且合同的主要条款应与招标、投标文件保持一致。
- 根据《中华人民共和国招标投标法》第四十六条及《中华人民共和国招标投标法实施条例》第五十八条的规定，若招标文件中明确要求中标人提交履约保证金，则中标人应当按照招标文件的要求提交，这一要求具有法律约束力，无论合同中是否再次明确提及。
履约保证金的性质与作用：
- 履约保证金是中标人为确保履行合同而向招标人提供的金钱保证，具有履约担保的性质。它旨在保障招标方的利益，防止承包人违约，确保合同的顺利履行。
- 履约保证金的金额一般不得超过投标总价的百分之五到百分之十，具体数额需根据工程造价和项目风险等因素确定。
二、实际操作与建议
招标文件的制定：
- 招标人在制定招标文件时，应根据项目的实际情况和需要，合理确定是否要求提交履约保证金以及具体的提交方式和金额。
- 招标文件应明确履约保证金的缴纳时间、方式、退还条件等细节，以避免后续争议。
中标人的应对：
- 中标人在收到招标文件后，应仔细阅读相关条款，特别是关于履约保证金的要求。
- 若招标文件要求提交履约保证金，中标人应按照要求及时提交，以确保合同的顺利履行。
争议解决：
- 若在合同履行过程中，因履约保证金产生争议，双方应首先进行友好协商，寻求解决方案。
- 若协商不成，可考虑寻求行业主管部门、招标投标监管机构等第三方介入调解。
- 在极端情况下，任何一方均可通过法律途径解决争议，即向有管辖权的人民法院提起诉讼或根据合同约定申请仲裁。
三、特殊情况说明
- 在国有资金占控股或者主导地位的依法必须进行招标的项目中，履约保证金通常是必须提交的，以确保项目的顺利进行和资金的有效利用。
- 对于一些风险较低、规模较小或中标人信誉良好的项目，招标人可能会选择不收取履约保证金，以简化程序并降低交易成本。
总结：招标文件中可以约定履约保证金，且这一要求具有法律约束力。招标人在制定招标文件时，应根据项目实际情况合理确定是否要求提交履约保证金；中标人则应仔细阅读招标文件，并按要求提交履约保证金。双方应通过合法合理的方式解决可能因履约保证金产生的争议，以确保合同的顺利履行和双方的合法权益。