双方确实可以通过协议来撤销合同，但这一过程需要遵循相关法律法规，并确保不损害第三方合法权益及社会公共利益。以下是对这一问题的详细分析：
一、协议撤销合同的法律依据
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方当事人有权按照自己的意愿设立、变更、终止民事法律关系。这意味着，如果合同双方经过平等协商，均同意撤销原合同，并通过达成新的合意来解除原有合同关系，此类撤销在法律上是被明确认可和允许的。具体来说，双方可以通过签订解除协议等方式一致决定不再履行合同，此时双方的权利义务关系恢复到合同订立之前的状态。
二、协议撤销合同的方式与流程
协商一致撤销：这是最常见且直接的方式。双方因各种原因（如市场情况变化、个人原因等）决定不再履行合同，通过友好协商达成一致意见，并签订解除协议。这种方式简单快捷，且不易引发纠纷。
法定撤销情形下的协商：除了协商一致外，法律还规定了特定情形下（如重大误解、显失公平、欺诈、胁迫等），当事人一方有权请求人民法院或仲裁机构撤销合同。然而，即使存在这些情形，若双方能达成一致，也无需通过法律途径，可直接通过协商撤销合同。
三、协议撤销合同后的处理
已履行部分的处理：合同撤销后，对于已经履行的部分，根据履行情况和合同性质，当事人可以要求恢复原状、采取其他补救措施，并有权要求赔偿损失。例如，如果合同涉及货物买卖，且货物已经交付但未付款，撤销合同后，买方可能需要返还货物，卖方则需要退还已收取的款项。
涉及第三方权益的处理：若合同涉及到第三人的合法权益，或存在违反法律法规强制性规定、损害社会公共利益等情形时，即使双方同意撤销，该撤销行为也可能不具有法律效力。例如，如果合同涉及处分第三方财产，且撤销可能损害第三方权益，那么该撤销行为可能被主张为无效。
四、特殊类型合同的额外注意
对于某些特殊类型的合同，如房屋买卖、车辆交易等，撤销合同可能还需办理额外的法律手续，如过户手续的撤销等。这些手续旨在确保合同撤销的法律效力及双方权益的保护。因此，在处理这类合同时，双方应特别注意相关法律规定和手续要求。
五、实际操作建议
在决定撤销合同前，双方应详细审查合同条款，特别是关于合同撤销的具体约定。同时，建议双方充分沟通并明确所有相关事项，包括但不限于合同解除的时间、方式、是否需要承担违约责任、后续善后处理等。如有必要，可以寻求我的专业帮助，以确保合同撤销的合法性、有效性及对双方权益的最大保护。
综上所述，双方确实可以通过协议来撤销合同，但这一过程需要遵循相关法律法规，并确保不损害第三方合法权益及社会公共利益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。