结论：公司员工与业主签订合同后，收入确认到公司主要依赖于合同签订主体、资金流向以及公司内部财务管理制度等多个因素。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、合同签订主体与收入确认
合同以公司名义签订：
- 如果员工是以公司的名义与业主签订合同，且合同中明确约定了收入归公司所有，那么收入自然应当确认到公司。这种情况下，员工的行为被视为职务行为，其法律后果由公司承担。
- 法律依据：根据《民法典》的相关规定，代理人在代理权限内，以被代理人名义实施的民事法律行为，对被代理人发生效力。因此，员工以公司名义签订合同，其法律效果直接归属于公司。
合同以员工个人名义签订：
- 如果员工以个人名义与业主签订合同，但合同内容涉及公司业务，且公司事后认可该合同并接受收入，那么收入也可以确认到公司。不过，这种情况下需要公司有明确的内部管理制度或协议来规范此类行为，以避免法律风险。
- 风险提示：若公司未明确认可员工以个人名义签订的合同，或合同内容与公司业务无关，则收入可能无法确认到公司，甚至可能引发法律纠纷。
二、资金流向与收入确认
资金直接汇入公司账户：
- 如果合同款项直接汇入公司账户，那么收入确认到公司是最直接且无争议的方式。这要求公司在合同中明确约定收款账户，并确保业主按照约定支付款项。
资金先汇入员工个人账户再转至公司：
- 如果合同款项先汇入员工个人账户，再由员工转至公司账户，这种情况下需要公司有严格的财务管理制度来规范此类行为。公司应要求员工及时、足额地将款项转至公司账户，并保留相关转账记录作为收入确认的依据。
- 风险提示：若员工未及时或未足额转款，或存在挪用资金等违法行为，公司将面临法律风险和经济损失。
三、公司内部财务管理制度与收入确认
建立明确的财务管理制度：
- 公司应建立明确的财务管理制度，规范员工签订合同、收取款项等行为。制度中应明确收入确认的原则、流程、责任等，以确保收入能够准确、及时地确认到公司。
加强员工培训与监督：
- 公司应加强对员工的法律培训和财务监督，提高员工的法律意识和财务素养。通过培训，使员工了解合同签订、收入确认等相关法律知识，避免因无知而引发的法律风险。同时，通过监督，确保员工按照公司制度行事，及时、足额地将收入确认到公司。
四、实际操作建议
在合同中明确约定：
- 在与业主签订合同时，公司应明确约定合同主体、收款账户、收入归属等关键条款，以避免后续纠纷。
建立完善的财务管理流程：
- 公司应建立完善的财务管理流程，包括合同审批、款项收取、收入确认等环节。通过流程化管理，确保每一步都符合公司制度和法律规定。
定期进行财务审计：
- 公司应定期进行财务审计，检查收入确认情况、资金流向等是否符合公司制度和法律规定。通过审计，及时发现并纠正问题，确保公司财务健康。
总结：公司员工与业主签订合同后，收入确认到公司需要综合考虑合同签订主体、资金流向以及公司内部财务管理制度等多个因素。公司应建立明确的财务管理制度，加强员工培训与监督，并在合同中明确约定关键条款，以确保收入能够准确、及时地确认到公司。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。