针对您提出的“公司签订工程合同，款项由个人收取，公司债权债务如何确认”的问题，以下是一个清晰、详细且有深度的解答：

首先，我们要明确的是，尽管款项由个人收取，但工程合同的主体是公司，因此债权债务的确认仍需围绕公司来进行。以下是具体的确认流程：

一、合同审查与基础明确

1. 全面审查合同：首先，需仔细审阅与工程项目相关的所有合同文件，包括工程承包合同、分包合同、补充协议等，明确合同中的价款、支付方式、结算时间、质保金、违约责任等关键条款。

2. 确认合同主体：确保合同中的主体是公司，而非个人，以明确债权债务的法律关系。

二、账目与资料核对

1. 核对往来账目：双方应依据合同条款，对工程进度款、材料设备款、变更费用等各类款项的支付与收款记录进行逐一核对，确保每一笔款项都有明确的记录。

2. 收集并整理资料：收集施工过程中的各类资料，如工程图纸、变更通知、施工日志、隐蔽工程验收记录等，以证明实际完成的工程量及工程质量。同时，保留并收集好所有相关证据，如银行转账记录、发票、收据、对账单等。

三、处理个人收款问题

1. 确认收款人身份：核实个人收款人是否为公司指定的收款人，或者是否有公司的授权委托。

2. 完善收款手续：如果款项确实由个人收取，应要求个人提供收款证明，并确保该证明与公司账目相符。同时，公司应建立相应的内部控制机制，确保个人收款行为符合公司规定。

四、债权债务的具体确认

1. 确定工程价款：根据合同约定计价方式，结合实际情况（如工程变更、物价波动等），准确计算工程价款。

2. 核对已付款项：仔细审查付款凭证，与收款方（无论是公司还是个人）核对每一笔付款的金额、时间、用途等信息，确保付款记录的真实性与完整性。

3. 签订确认协议：若双方对债权债务无异议，应及时签订书面的债权债务确认协议，明确具体内容、金额、支付方式、支付时间等条款。

五、争议解决与法律保障

1. 协商解决：如果双方在债权债务确认过程中存在分歧，应首先通过友好协商解决。

2. 法律途径：若协商未果，可根据合同约定选择仲裁或诉讼途径解决争议。在此过程中，建议寻求专业律师的支持，以维护公司的合法权益。

3. 法律见证或公证：为增强债权债务确认的法律效力，可考虑邀请律师进行法律见证或前往公证处办理公证手续。

六、履行与监督

1. 严格履行义务：各方应按照确认书中的约定严格履行各自的义务，确保合同的顺利执行和债权债务的及时清偿。

2. 建立监督机制：设立有效的监督机制，定期对合同履行情况进行检查，及时发现并解决潜在问题。特别是对于个人收款行为，应加强监督和管理，确保其行为符合公司规定和法律法规要求。

综上所述，公司签订工程合同后，即使款项由个人收取，债权债务的确认仍需遵循严格的流程和规定。通过全面审查合同、核对账目与资料、处理个人收款问题、签订确认协议以及建立有效的争议解决和法律保障机制等措施，可以确保债权债务的准确确认和及时清偿。