在挂靠车辆被他人非法扣押发生纠纷时，诉讼主体的确定需根据具体情况来分析，一般而言，实际车主和被挂靠单位都可能成为诉讼主体，但具体取决于纠纷的性质和各方之间的法律关系。以下从几个角度进行详细分析：
一、合同相对性原则下的主体确定
若纠纷主要围绕挂靠合同本身：
- 挂靠合同是实际车主与被挂靠单位之间签订的，它规定了双方的权利和义务。
- 如果纠纷是因挂靠合同的履行、解释或违约等产生的，那么根据合同相对性原则，诉讼主体应为实际车主和被挂靠单位。
实际车主作为合同一方：
- 实际车主是挂靠合同的实际履行者，对车辆享有实际的控制权和使用权。
- 在因挂靠合同产生的纠纷中，实际车主有权作为原告或被告参与诉讼。
被挂靠单位作为合同另一方：
- 被挂靠单位是挂靠合同的名义车主，对车辆享有名义上的所有权或管理权。
- 在因挂靠合同产生的纠纷中，被挂靠单位同样有权作为原告或被告参与诉讼。
二、侵权责任下的主体确定
若纠纷涉及非法扣押车辆的侵权行为：
- 非法扣押车辆是一种侵权行为，它侵犯了车辆所有人的财产权。
- 在这种情况下，诉讼主体应为侵权行为的受害者和侵权人。
实际车主作为受害者：
- 如果实际车主是车辆的实际所有人，且因非法扣押行为遭受了损失，那么实际车主有权作为原告提起诉讼。
侵权人作为被告：
- 侵权人是指实施非法扣押行为的人或单位。
- 侵权人应作为被告参与诉讼，并承担因其侵权行为给实际车主造成的损失。
被挂靠单位的角色：
- 在侵权责任纠纷中，被挂靠单位通常不是直接侵权人，除非其直接参与了非法扣押行为。
- 如果被挂靠单位未参与非法扣押行为，但因其名义上的所有权或管理权而卷入纠纷，其地位可能较为复杂，可能作为第三人参与诉讼，或者根据具体情况承担一定的法律责任（如因管理不善导致车辆被扣押等）。但这种情况下的责任通常较为间接和有限。
三、特殊情况下的主体确定
挂靠合同中的特别约定：
- 如果挂靠合同中明确约定了在特定情况下（如车辆被扣押）的诉讼主体或责任承担方式，那么应按照合同约定来确定诉讼主体。
实际车主与被挂靠单位的实际关系：
- 在实际操作中，实际车主与被挂靠单位之间的关系可能复杂多变。例如，有些实际车主可能以被挂靠单位的名义进行经营活动，或者被挂靠单位对车辆的实际运营有一定的参与度。
- 在这种情况下，诉讼主体的确定需要综合考虑各方之间的实际关系、合同约定以及法律规定等因素。
建议：
- 在挂靠车辆被他人非法扣押发生纠纷时，首先应仔细审查挂靠合同的内容，明确各方之间的权利和义务。
- 根据纠纷的性质和各方之间的法律关系，确定合适的诉讼主体。
- 如果情况复杂或难以确定诉讼主体，建议及时咨询专业律师（即我本人），以便获得更具体和专业的法律建议。
希望以上分析能对你有所帮助。如果你有任何其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。