结论：法院通过劳务派遣扣除工资而劳务派遣公司未通知本人的行为，其合法性需根据具体情况判断，一般情况下，若未经劳动者同意或未依法定程序扣除，则不合法。以下从不同角度进行分析：
一、劳务派遣关系中的工资扣除原则
在劳务派遣关系中，劳动者的工资支付主体是劳务派遣单位（即用人单位），而用工单位（即实际使用劳动者的单位）则按照劳务派遣协议的约定，向劳务派遣单位支付服务费用，包括劳动者的工资、社会保险费等。工资扣除应当遵循合法、合理、透明的原则，即扣除工资必须有法律依据或合同约定，且扣除的金额和原因应当明确告知劳动者。
二、法院扣除工资的合法性分析
法院执行程序中的工资扣除：
- 若法院因执行生效法律文书（如判决书、裁定书等）而需要扣除劳动者的工资，这通常属于依法进行的强制执行措施。但即使在这种情况下，法院也应当依法通知劳动者本人，并告知其扣除的金额、原因及法律依据。
- 如果法院未依法通知劳动者而直接扣除工资，这可能违反了法定程序，劳动者有权提出异议并寻求法律救济。
劳务派遣公司的责任：
- 劳务派遣公司作为劳动者的用人单位，有义务确保劳动者的工资得到合法、及时的支付。如果法院要求扣除工资，劳务派遣公司应当及时通知劳动者，并解释扣除的原因和法律依据。
- 若劳务派遣公司未履行通知义务，可能构成对劳动者权益的侵害，劳动者有权要求劳务派遣公司承担相应的法律责任。
三、劳动者权益保护途径
与劳务派遣公司协商：
- 劳动者可以首先尝试与劳务派遣公司进行协商，要求其解释扣除工资的原因和法律依据，并要求其补发未通知而扣除的工资。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门对劳务派遣公司的违法行为进行调查和处理。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 劳动者还可以根据《劳动争议调解仲裁法》的规定，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者根据《民事诉讼法》的规定，向人民法院提起诉讼，要求劳务派遣公司承担相应的法律责任。
四、特殊情况下的工资扣除
- 法定扣除情形：根据《工资支付暂行规定》等法律法规，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。但即使在这种情况下，用人单位也应当事先与劳动者协商一致，并明确告知扣除的原因和金额。
建议：如果您遇到了法院通过劳务派遣扣除工资而劳务派遣公司未通知您的情况，建议您首先与劳务派遣公司进行沟通协商，要求其解释扣除的原因和法律依据。如果协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁、提起诉讼来维护自己的合法权益。如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。