结论：劳务公司在未通知员工的情况下擅自扣除两份商业保险费用，一般不合法，但需结合具体情况进一步分析。

1. 从劳动合同及规章制度角度分析
   根据《劳动合同法》第八条及第十七条，用人单位与劳动者建立劳动关系时，应就劳动报酬、社会保险等事项进行明确约定。若劳动合同或公司规章制度中未明确规定“可扣除商业保险费用”，或未通过民主程序（如职工代表大会）制定相关条款，则劳务公司擅自扣费的行为缺乏合法依据。
   例外情形：若公司能证明扣费行为已通过合法程序（如员工签字确认的补充协议、公示的规章制度）且不违反法律强制性规定，则可能被认定为合法。但“未通知”直接排除了这一可能性。

2. 从社会保险与商业保险的区分角度分析
   社会保险（如养老保险、医疗保险）具有强制性，用人单位必须依法缴纳，且费用分担比例由法律明确规定。而商业保险属于自愿性福利，除非员工明确同意，否则用人单位无权强制购买或扣费。
   本案中，劳务公司扣除的是“商业保险”费用，且未通知员工，显然未满足“员工自愿”或“合法授权”的前提，构成违法扣费。

3. 从程序合法性角度分析
   即使公司认为扣费合理（如为员工购买补充医疗险），也需履行告知义务并取得员工同意。根据《民法典》第一百四十三条，民事法律行为需“意思表示真实”，而“未通知”直接导致员工意思表示缺失，扣费行为因程序违法而无效。

建议行动：

• 员工可要求劳务公司出具扣费依据（如劳动合同条款、签字确认的授权书）；
  
• 若公司无法提供，员工有权要求返还扣款，并可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
  
• 保留工资条、扣费通知等证据，以备维权之需。

如有进一步细节（如扣费金额、合同条款等），可直接向我咨询，我将结合具体情形提供更精准的法律意见。