结论：员工侵占公司1000元，公司可以选择报警，但需根据具体情况判断是否构成刑事犯罪，同时也可考虑通过民事途径或内部纪律处分来解决问题。
分析说明：
刑事角度：
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，侵占罪通常指的是以非法占有为目的，将他人的交给自己保管的财物、遗忘物或者埋藏物非法占为己有，数额较大，拒不交还的行为。然而，对于员工侵占公司财物是否构成侵占罪，关键在于财物的性质（是否属于“代为保管的他人财物”）、数额是否达到刑事立案标准（一般数额较大，如1万元以上，但具体标准可能因地区而异），以及员工是否拒不交还。
- 在您描述的情况下，员工侵占公司1000元，这个数额通常未达到刑事立案的标准（除非当地有特别规定且该数额被认定为“数额较大”），且不一定构成“代为保管的他人财物”的情形。因此，从刑事角度，报警后可能不会立即启动刑事程序，但报警仍是一个可行的选择，以便警方进行调查并视情况处理。
民事角度：
- 无论是否构成刑事犯罪，公司都有权要求员工返还侵占的财物。如果员工拒绝返还，公司可以通过民事诉讼途径，如提起侵权之诉或不当得利之诉，要求员工返还财物并可能要求赔偿损失。
内部纪律处分：
- 除了法律途径，公司还可以根据内部的规章制度对员工进行纪律处分，如警告、罚款、解雇等。这取决于公司规章制度的具体规定以及员工侵占行为的严重程度。
行动建议：
- 报警：公司可以选择向警方报案，提供相关证据（如监控录像、财务记录、员工陈述等），以便警方进行调查。虽然可能不构成刑事犯罪，但警方可以协助公司追回财物或对员工进行教育。
- 民事诉讼：如果报警后问题未得到解决，或公司希望追究员工的民事责任，可以考虑提起民事诉讼。
- 内部处理：同时，公司也可以根据公司规章制度对员工进行内部纪律处分，以维护公司秩序和纪律。
后续思考依据：
- 在处理此类问题时，公司应首先收集并保存相关证据，以便在报警或提起诉讼时提供有力支持。
- 公司应审查并完善内部的规章制度，明确员工侵占财物的处理方式和程序，以便在类似事件发生时能够迅速、有效地应对。
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