民事判决书未明确双方是什么合同关系，确实可能构成事实认定不清，但具体需结合案件实际情况判断。以下从多个角度进行分析：
一、合同关系认定的重要性
在合同纠纷案件中，明确双方之间的合同关系是审理案件的基础。合同关系不仅决定了双方的权利义务内容，还影响着案件的法律适用和裁判结果。因此，民事判决书应当清晰、准确地认定双方之间的合同关系。
二、事实认定不清的情形
合同关系未明确：如果民事判决书在事实认定部分未明确双方之间的合同关系，或者仅模糊地描述了双方之间的交易行为，而未明确其法律性质，这可能导致事实认定不清。例如，双方之间可能存在买卖合同、承揽合同、服务合同等多种可能性，但判决书未明确具体是哪种合同关系。
证据不足或矛盾：在认定合同关系时，法院需要依据双方提供的证据进行判断。如果证据不足或者证据之间存在矛盾，导致法院无法准确认定双方之间的合同关系，这也可能构成事实认定不清。
三、事实认定不清的法律后果
上诉或再审理由：如果当事人认为民事判决书在事实认定部分存在不清或错误，这可以作为上诉或再审的理由之一。在上诉或再审过程中，法院将重新审查案件事实，并可能对原判决进行改判或撤销。
影响裁判结果：事实认定不清可能直接影响裁判结果的公正性和合理性。如果法院无法准确认定双方之间的合同关系，就可能无法正确适用法律，从而导致裁判结果的不公正。
四、具体判断标准
在判断民事判决书是否构成事实认定不清时，需要综合考虑以下因素：
判决书内容：审查判决书在事实认定部分是否明确描述了双方之间的交易行为、合同条款等关键信息，以及是否对这些信息进行了合理的法律分析和判断。
证据情况：审查双方提供的证据是否充分、确凿，以及证据之间是否存在矛盾或不一致之处。如果证据不足或存在矛盾，可能导致法院无法准确认定合同关系。
法律适用：审查法院在认定合同关系时是否正确适用了相关法律法规和司法解释。如果法律适用错误或不当，也可能导致事实认定不清。
五、建议
仔细审查判决书：如果当事人对民事判决书中的合同关系认定存在疑问，应仔细审查判决书内容，特别是事实认定部分和法律适用部分。
咨询专业律师：如有需要，当事人可以咨询专业律师，对判决书进行法律分析和评估，以确定是否存在事实认定不清或法律适用错误等问题。
考虑上诉或再审：如果当事人认为判决书存在事实认定不清或法律适用错误等问题，且这些问题可能影响裁判结果的公正性和合理性，可以考虑提起上诉或申请再审。
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