建设工程施工合同纠纷是可以约定仲裁的，这一结论有着明确的法律依据和实务操作基础。以下从多个角度为你详细分析：

一、法律依据

1. 《中华人民共和国仲裁法》的明确规定

   • 第二条：平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。建设工程施工合同纠纷作为平等民事主体间的合同纠纷，自然属于可仲裁的范围。
   • 第三条：进一步界定了不能仲裁的纠纷类型，如婚姻、收养、监护、扶养、继承纠纷以及依法应当由行政机关处理的行政争议。建设工程施工合同纠纷并不包含在内，因此具备仲裁的法律基础。
   • 第四条：强调了仲裁的自愿原则，即双方当事人需通过仲裁协议或合同中的仲裁条款明确表示选择仲裁作为纠纷解决方式。

2. 《中华人民共和国民事诉讼法》的补充支持

   • 第一百二十七条：规定若双方当事人达成书面仲裁协议并选择仲裁解决纠纷，则不得向人民法院起诉。这一条款从程序上确认了仲裁作为合同纠纷解决方式的合法性。

二、仲裁条款的有效性要素

为了确保仲裁条款能够实际执行并产生法律效力，必须包含以下关键要素：

1. 明确的仲裁意愿：双方当事人应清晰表明愿意将建设工程合同纠纷提交仲裁解决的意愿，例如“双方同意因本建设工程合同引起的或与本合同有关的一切争议提交仲裁解决”。

2. 选定的仲裁机构：必须明确具体的仲裁机构名称，如“[具体仲裁机构名称]”。若仲裁机构约定不明确，可能导致仲裁条款无效。

3. 仲裁事项范围：仲裁条款应详细列出可仲裁的事项范围，涵盖建设工程合同中可能产生的所有争议类型，如合同的履行、解释、变更、解除等。

三、实务操作与注意事项

1. 实务操作：当事人在订立建设工程合同时，应自愿并明确地约定仲裁条款，包括仲裁机构、仲裁规则等具体内容。一旦发生纠纷，且合同中存在有效的仲裁条款，当事人可向选定的仲裁机构申请仲裁。

2. 注意事项：

   • 确保条款效力：仲裁条款的效力对于纠纷的解决至关重要。当事人应确保仲裁条款的明确性和有效性，避免无效情形，如仲裁机构约定不明、仲裁事项范围不清等。
   • 了解仲裁特性：仲裁通常具有高效、专业、相对灵活的特点，但也可能存在费用较高、程序相对复杂等风险。当事人在选择仲裁作为纠纷解决方式时，应充分了解其特性和潜在风险。
   • 案例参考：在实际案例中，当施工合同中明确约定了仲裁条款时，法院通常会尊重当事人的选择，引导纠纷至仲裁机构处理。

四、与不动产纠纷专属管辖的协调

尽管《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二十八条规定了建设工程施工合同纠纷等应按照不动产纠纷确定管辖，但这并不排斥仲裁的适用性。只要双方在合同中明确约定了有效的仲裁条款，即可选择仲裁作为纠纷解决途径。

五、专门性问题的处理

在仲裁过程中，若涉及工程造价、质量、修复费用等专门性问题，可参照《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》的相关规定进行处理。这有助于确保仲裁裁决的专业性和公正性。

综上所述，建设工程施工合同纠纷完全可以约定仲裁条款，并且该条款在符合法律法规要求的前提下具有明确的法律效力。当事人在约定仲裁条款时应谨慎考虑并确保其有效性和明确性，以避免潜在的管辖争议和法律风险。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。