协议书有单位复印公章，其法律效力需根据具体情况综合判断，不能一概而论说有效或无效。以下从多个角度进行分析：
一、具备法律效力的情形
与原件核对无异且对方认可
- 如果复印的协议书能够与原件进行核对，且双方当事人对复印件内容与原件一致均无异议，那么该复印件在法律上可以被视为具有与原件相当的证明力。例如，在庭前证据交换过程中，通过比对确认复印件内容准确无误后，该复印件在后续诉讼中可作为有效证据使用。
有其他证据佐证
- 当复印的协议书与其他证据相互印证，形成完整的证据链时，它也可能被认可具有法律效力。这些佐证证据可以包括围绕协议履行过程中的往来邮件、聊天记录、付款凭证、货物交付单据等。这些证据共同证明了协议约定的权利义务关系实际发生，从而增强了复印件的证明力。
经过公证或认证
- 如果复印的协议书经过了公证机关或相关机构的认证，并且与原件相符，那么它通常会被视为具有与原件相同的法律效力。公证或认证过程增加了复印件的可靠性和可信度，使其在法律上更具效力。
双方明确约定复印件效力
- 如果协议双方在协议中明确约定复印件具有与原件同等的法律效力，且该约定不违反法律法规的强制性规定，不损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益，那么复印的协议书在此情况下是有效的。
二、不具备法律效力的情形
无原件核对且对方不认可
- 在无法提供协议书原件进行核对的情况下，如果对方当事人不承认复印件的真实性和效力，且没有其他证据予以佐证，那么该复印的协议书通常不具有法律效力，不能单独作为认定案件事实的依据。
复印过程存在瑕疵或篡改
- 如果复印的协议书在复印过程中存在模糊、遗漏关键信息或被篡改的情况，那么其法律效力将受到严重影响。在这种情况下，复印件可能无法真实反映原件的内容，因此不具备法律效力。
特定形式要求未满足
- 一些特定类型的协议书可能需要满足特定的形式或手续要求，如公证、登记等。仅复印的协议书可能无法满足这些要求，从而影响其法律效力。
三、建议与注意事项
保留原件
- 在签订重要的协议书时，应妥善保管好原件，这是确保协议书法律效力的最佳方式。若原件丢失或无法提供，应尽量收集其他相关证据来增强复印件的证明力。
注意复印质量
- 在复印协议书时，应确保复印过程清晰、完整，避免模糊或遗漏关键信息，以免影响复印件的法律效力。
明确约定复印件效力
- 如果双方希望复印的协议书具有法律效力，可以在协议中明确约定复印件的效力，并注明在何种条件下复印件与原件具有同等法律效力。
及时咨询专业律师
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综上所述，协议书有单位复印公章的法律效力需根据具体情况综合判断。为了确保自身权益得到充分保障，建议在签订和保存协议书时务必谨慎行事，并在需要时寻求专业法律帮助。