用公司章的协议书，在一般情况下是有效的。这是因为公章代表了公司对协议内容的认可，根据法律规定，法定代表人以法人名义进行的民事活动，其后果由法人承担。因此，加盖公章可以被视为公司意志的体现。只要协议内容合法、不违背公序良俗，且双方表意真实，那么该协议就是合法有效的。
不过，也存在一些特殊情况，可能导致加盖公司公章的协议无效：
协议存在法定无效情形：
- 如果协议中存在恶意串通损害他人权益、以合法形式掩盖非法目的等法定无效情况，那么即便协议上加盖了公司公章，该协议也是无效的。
盖章行为非公司真实意思表示：
- 如果能证明盖章行为是盗盖、私盖等非公司真实意思表示，那么协议的效力可能会受到质疑。例如，如果一方能够提供证据证明公章是被另一方盗盖的，那么协议的效力就需要进一步判定。
法律建议：
- 在签订协议时，务必确保协议内容合法、合规，不违背公序良俗，并且双方表意真实。
- 加强对公司公章的管理，防止公章被盗盖、私盖等不当使用。
- 如果在协议签订或履行过程中遇到任何法律问题，建议及时咨询专业律师，以便得到专业的法律指导和帮助。
可能法律后果：
- 如果协议被认定为无效，那么双方可能需要根据各自的责任承担相应的法律后果，如返还财产、赔偿损失等。
- 如果因为公章管理不善导致协议效力受到质疑，公司可能会面临声誉损失、经济损失等风险。
因此，在签订和履行协议时，务必谨慎对待，确保协议的合法性和有效性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。