协议上盖合同章在大多数情况下是有效的，但特殊情况下可能无效，需结合具体情况和相关法律法规进行综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、合同章的法律效力基础
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。此处的“盖章”并未限定为公章，合同章同样涵盖在内，具备法律效力。合同章作为企业专门用于签订合同的印章，其使用代表了企业对合同内容的认可和受合同约束的意愿。
合同章的特定用途：
- 合同专用章是公司专门用于签订合同的印章，其使用范围明确限定于商业合作场景。这种专属性既体现了公司对缔约行为的审慎态度，也通过印章管理规范保障了交易安全。
二、合同章有效的条件
合同章需真实且合法：
- 合同章必须是真实且合法的印章，伪造或非法刻制的印章签订的合同无效。
加盖合同章的行为需经过授权：
- 加盖合同章的行为需经过单位法定代表人或其他有权人员的授权或认可。未经授权擅自使用合同章签订的合同，可能因越权行为而无效。
合同内容需合法有效：
- 合同内容必须合法有效，不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗。如果合同内容违法，即使加盖了合同章，该合同也是无效的。
三、特殊情况下合同章可能无效的情形
合同章伪造：
- 如果一方使用伪造的合同章签订协议，该行为本身是违法的，且不能代表真实的意思表示。因此，该协议对被伪造方不具有法律效力。例如，甲公司员工私自伪造公司合同章与乙公司签订合同，甲公司事后不予认可，则该协议对甲公司无效。
超越权限盖章：
- 如果盖章的主体没有获得相应的授权，如公司某个部门私自加盖公司合同章签订超出其权限范围的协议，或代理人超越代理权限使用被代理人的合同章签订协议，且事后未得到追认，则该协议可能无效。例如，公司销售部门负责人在未经授权的情况下使用公司合同章签订高额采购协议，公司高层拒绝追认，则该协议可能被认定为无效。
协议内容违法：
- 即使协议加盖了合同章，但如果协议内容违反了法律法规的强制性规定或违背了公序良俗，该协议仍然是无效的。例如，甲乙双方签订协议约定以非法手段获取竞争对手的商业秘密并进行共享，尽管加盖了合同章，但由于内容违法，该协议无效。
四、建议与注意事项
确保合同章的真实性和合法性：
- 在签订协议时，应确保合同章是真实且合法的印章，避免使用伪造或非法刻制的印章。
确认盖章行为的授权性：
- 应确认加盖合同章的行为是否经过单位法定代表人或其他有权人员的授权或认可，避免越权行为导致的合同无效。
审查合同内容的合法性：
- 在签订协议前，应仔细审查合同内容是否合法有效，不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗。
建议同时签字并署名日期：
- 为更加保险和规范，建议在盖章的同时还有相关人员的亲笔签字并署名日期，以增强合同的证明力。
总结来说，协议上盖合同章在符合相关法律法规和有效性条件的情况下通常是有效的，但在特殊情况下可能无效。因此，在签订协议时应谨慎审查各方面因素，以确保协议的合法性和有效性。如果您在签订协议过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。