合同章盖在协议上通常是有效的，但具体效力需结合实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、合同章的法律效力
合同章是单位对外签订合同时使用的专用印章，在法律上具有代表单位签订合同的效力。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。因此，合同章盖在协议上，一般意味着该协议已经得到了单位的认可，具有法律效力。
二、合同章使用的有效性条件
印章的真实性：
- 使用的合同章必须是单位真实、有效的印章，而非伪造或变造的印章。
- 如果印章是伪造或变造的，那么该协议对单位不产生法律效力，甚至可能构成犯罪。
盖章人的权限：
- 盖章人必须具有代表单位签订合同的权限，如单位的法定代表人、授权代理人等。
- 如果盖章人没有相应的权限，那么该协议可能因无权代理而无效，除非单位事后追认。
协议内容的合法性：
- 协议的内容必须合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得违背公序良俗。
- 如果协议内容违法，那么即使盖有合同章，该协议也是无效的。
三、特殊情况下的效力判断
合同章与公章的效力区别：
- 在某些情况下，单位可能同时使用公章和合同章。公章通常用于更正式、更重要的文件，而合同章则专门用于签订合同。
- 虽然公章和合同章在法律效力上可能有所不同，但只要合同章是真实、有效的，且盖章人具有相应权限，那么盖有合同章的协议通常也是有效的。
电子合同章的效力：
- 随着电子技术的发展，电子合同章也逐渐被广泛应用。电子合同章与实体合同章在法律效力上是等同的，只要符合相关法律法规的规定，如《中华人民共和国电子签名法》等，电子合同章盖在协议上也是有效的。
四、法律建议
确保印章的真实性和有效性：
- 在签订协议前，务必确认所使用的合同章是单位真实、有效的印章，避免使用伪造或变造的印章。
确认盖章人的权限：
- 在签订协议时，应确认盖章人是否具有代表单位签订合同的权限，必要时可要求盖章人出示相关授权文件。
审查协议内容的合法性：
- 在签订协议前，应仔细审查协议的内容，确保其合法、合规，避免签订违法或无效的协议。
保留相关证据：
- 在签订协议后，应妥善保管协议原件及相关证据，以备不时之需。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供更详细、更专业的法律建议。