签协议盖合同章在大多数情况下是有效的，但特殊情况下可能无效，需结合具体情况和相关法律法规进行综合判断。以下从多个角度为您详细分析：
一、一般情况下有效
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。合同章作为单位对外签订合同时的常用印章，其加盖通常视为单位对合同内容的认可和接受，表明双方愿意受到合同条款的约束。
有效性条件：
- 合同章需真实合法：合同章必须是真实且合法的印章，不能是伪造或变造的。
- 盖章行为需授权：加盖合同章的行为需经过单位法定代表人或其他有权人员的授权或认可。例如，公司员工在未经授权的情况下使用公司合同章签订合同，可能构成无权代理，该合同对公司可能不产生效力。
- 合同内容需合法：合同内容必须合法有效，不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗。例如，涉及非法活动的合同，即使加盖了合同章，也是无效的。
常见示例：
- 在商业合作中，双方公司在协议上加盖各自的合同章，且协议内容合法、意思表示真实，则该协议依法成立并生效，双方应依约履行各自义务。
二、特殊情况下可能无效
合同章伪造：
- 如果一方使用伪造的合同章签订协议，该行为本身是违法的，且不能代表真实的意思表示。因此，该协议对被伪造方不具有法律效力。例如，甲公司员工私自伪造公司合同章与乙公司签订合同，甲公司事后不予认可，则该协议对甲公司无效。
超越权限盖章：
- 如果盖章的主体没有获得相应的授权，如公司某个部门私自加盖公司合同章签订超出其权限范围的协议，或代理人超越代理权限使用被代理人的合同章签订协议，且事后未得到追认，则该协议可能无效。例如，公司销售部门负责人在未经授权的情况下使用公司合同章签订高额采购协议，公司高层拒绝追认，则该协议可能被认定为无效。
协议内容违法：
- 即使协议加盖了合同章，但如果协议内容违反了法律法规的强制性规定或违背了公序良俗，该协议仍然是无效的。例如，甲乙双方签订协议约定以非法手段获取竞争对手的商业秘密并进行共享，尽管加盖了合同章，但由于内容违法，该协议无效。
三、建议与注意事项
- 确保合同章的真实性和合法性：在签订协议时，应仔细核查合同章的真实性和合法性，避免使用伪造或变造的合同章。
- 确认盖章行为的授权性：确保盖章行为已经获得单位法定代表人或其他有权人员的授权或认可，避免无权代理或超越代理权限的情况发生。
- 审查合同内容的合法性：在签订协议前，应仔细审查合同内容，确保其不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗。
- 建议同时签字并署名日期：为更加保险和规范，建议在盖章的同时还有相关人员的亲笔签字并署名日期，以增强协议的法律效力。
总结来说，签协议盖合同章在符合相关法律法规和有效性条件的情况下通常是有效的，但在特殊情况下可能无效。因此，在签订协议时应谨慎审查各方面因素，以确保协议的合法性和有效性。如果您在签订协议过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。