协议复印出来双方手印在一定条件下是有效的，但其证明力相较于原件明显较弱，且有效性受多种因素影响。以下是对此问题的详细分析：
一、一般有效性分析
基于原件的有效性：
- 如果协议原件是合法成立并生效的，且复印件上的手印能与原件核对无误（尽管实际操作中复印件与原件完全一致较难实现，但理论上若能通过技术手段确认其一致性），那么该复印件在一定程度上能够作为证据使用，具有一定的证明效力。当双方都认可复印件内容及手印真实性时，它可以作为确定双方权利义务的依据。
协议内容的合法性：
- 除了手印的真实性外，协议的有效性还取决于其内容是否合法、明确，是否是双方真实意愿的表达，以及双方是否都具备相应的民事行为能力。这些都是构成有效协议不可或缺的要素。若协议内容存在违法或违背公序良俗的情况，即使手印真实，协议也可能被认定为无效。
二、证明力受限及风险
证据规则角度：
- 根据我国民事诉讼证据规则，书证应提交原件。复印件作为传来证据，其证明力明显低于原件。在双方对协议内容有争议或对方对复印件真实性提出质疑时，若无法与原件核对，该复印件很难单独作为认定案件事实的依据。法院在审理案件时，通常会要求当事人提供原件以进行核对，以确保证据的真实性和可靠性。
存在伪造风险：
- 复印件容易被伪造、篡改，其上手印的真实性也较难确定。因此，在司法实践中，法官通常会谨慎对待复印件证据，特别是当存在通过技术手段伪造手印的可能性时。若复印件上的手印存在伪造嫌疑，且无法提供合理解释或证据支持其真实性，那么该复印件将不被采信。
三、增强复印件证明力的措施
对方再次确认：
- 如果确实无法提供原件，可以让对方在复印件上再次签字或按手印确认复印件内容与原件一致。这种确认行为可以视为对方对复印件内容的认可，从而增强复印件的证明力。
收集其他证据：
- 收集其他相关证据来佐证协议的存在及内容，如聊天记录、电子邮件、履行协议过程中的文件、证人证言等。这些证据可以形成完整的证据链，支持复印件的真实性和有效性。例如，在借款协议纠纷中，除了提供借款协议的复印件外，还可以提供转账记录、聊天记录等证据来证明借款事实的存在。
四、实际应用建议
- 优先使用原件：为了确保协议的证明力和有效性，最好持有并使用协议原件。这是最直接、最有力的证据形式。在签订协议时，应妥善保管原件，避免遗失或损坏。
- 谨慎对待复印件：如果确实需要使用复印件作为证据，应尽可能确保其真实性和完整性。在复印协议时，应选择可靠的复印设备和技术手段，以确保复印件的质量。同时，应尽快让对方在复印件上再次确认或收集其他相关证据来支持其真实性。
- 及时咨询律师：在处理涉及协议纠纷的法律事务时，应及时向我咨询以获取准确的法律建议和指导。我可以根据具体情况为你提供专业的法律意见和解决方案。
综上所述，虽然带有双方手印的协议复印件在一定条件下可以具有法律效力，但为了确保协议的最大证明力和有效性，还是应尽可能使用原件，并在必要时采取补救措施来增强复印件的证明力。如果你有任何关于协议纠纷的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。