双方协议按手印一般是有效的。签字和按手印都是对协议内容确认的方式，二者具有同等的法律效力。从法律层面讲，签字体现了当事人明确表达对协议内容的认可，而按手印则更突出了当事人的真实意愿及确定性。当双方完成签字并按手印操作后，此协议便对双方产生了法律上的约束效力。不过，协议的有效性还需满足一些其他关键条件，以下为你详细分析：

协议有效的条件

1. 内容合法合规：协议内容不能与法律法规的强制性规定相冲突，也不能违背公序良俗。例如，协议中不能约定从事非法活动，否则即便签字按了手印，该协议也是无效的。因为法律只保护合法的民事行为。

2. 双方具备相应民事行为能力：签订协议的双方都应当具备相应的民事行为能力，能够对自己的行为负责。例如，未成年人签订超出其能力范围的协议可能无效，除非得到其法定代理人的同意或追认。

3. 意思表示真实：协议的签订应当是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等不正当情形。倘若协议在签订过程中存在欺诈、胁迫等情况，即便有签字和按手印，该协议也有可能被认定为无效或者可撤销。受损害方有权请求法院或者仲裁机构撤销该协议，以保障自身合法权益。

特殊情形下的协议效力

• 未签字只按手印的协议：一般而言，未签字只按手印的协议也是具有法律效力的。根据《民法典》的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。按手印与签字、盖章具有同等法律效力。只要协议内容不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体和他人合法权益，且是双方真实意思表示，即使未签字仅按手印，协议也依法成立并生效，对双方均具有法律约束力。

• 协议内容存在瑕疵：如果协议内容存在模糊不清、条款冲突等瑕疵，可能会影响协议的效力。在这种情况下，双方应当协商补充或修改协议内容，以确保协议的明确性和可执行性。

法律建议

• 在签订协议前：双方应当仔细阅读协议内容，确保协议内容合法合规、明确无误，并充分理解协议条款的含义和后果。

• 在签订协议时：建议双方都签字并按手印，以增强协议的真实性和可信度。同时，可以保留一份协议的原件或复印件，以备不时之需。

• 在协议履行过程中：如果双方发生争议或纠纷，应当首先通过协商解决。如果协商不成，可以寻求法律途径解决，如向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁。

在实际操作中，如果遇到复杂的法律问题或争议，建议及时向我咨询，以便更好地维护自己的合法权益。