政府收取建设用地付耕费是否合法，需根据具体情况及法律法规来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合法性基础：法律法规依据
土地管理法相关规定：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关实施条例，政府因公共利益需要征收农村集体土地时，应依法给予补偿。补偿费用通常包括土地补偿费、安置补助费以及地上附着物和青苗的补偿费等。
- 若“付耕费”实质上是对被征收土地上农作物或耕作条件的补偿，且符合当地政府制定的补偿标准，那么这种费用收取是合法的。
地方性法规或政策：
- 不同地区可能根据当地实际情况，制定了关于土地征收补偿的具体办法或细则。这些地方性法规或政策可能明确规定了“付耕费”的收取标准、方式及用途。
- 若政府收取“付耕费”是基于地方性法规或政策的授权，且该法规或政策未与上位法相抵触，那么这种费用收取也是合法的。
二、非法性情形：违规操作或滥用职权
无明确法律依据：
- 若政府收取“付耕费”缺乏明确的法律法规依据，或者该费用并未被纳入当地土地征收补偿体系，那么这种费用收取可能是非法的。
超出法定标准或范围：
- 即使政府有权收取“付耕费”，但如果其收取的标准或范围超出了法律法规或地方性政策的规定，那么超出部分也是非法的。
滥用职权或违规操作：
- 若政府在收取“付耕费”过程中存在滥用职权、违规操作等行为，如未按规定程序进行征收、未给予被征收人充分补偿等，那么这种费用收取同样是非法的。
三、建议与行动
核实费用性质与依据：
- 若您面临政府收取“付耕费”的情况，首先应核实该费用的性质、收取依据及标准。您可以要求政府出具相关法律法规或政策文件，以明确其合法性。
咨询专业律师：
- 若您对政府收取“付耕费”的合法性存在疑问，或认为政府存在违规操作行为，建议咨询专业律师。律师可以根据您的具体情况，提供针对性的法律建议和维权方案。
依法维权：
- 若政府收取“付耕费”确实存在非法情形，您有权依法维权。您可以通过行政复议、行政诉讼等途径，要求政府撤销非法收费决定或退还已收取的费用。
总结来说，政府收取建设用地付耕费是否合法，需根据具体情况及法律法规来判断。若您面临此类问题，建议核实费用性质与依据，并咨询专业律师以获取针对性的法律建议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。