企业不能以员工旷工为由直接对员工进行仲裁，但若企业因员工旷工而解除劳动合同，员工认为解除行为不合法时，企业可能成为劳动仲裁的被申请人。以下是对这一问题的详细分析：

一、企业不能主动发起以员工旷工为由的仲裁

劳动仲裁是解决劳动争议的一种方式，通常由劳动者或用人单位向劳动争议仲裁委员会提出申请，以解决双方之间的劳动纠纷。在这个语境下，企业不能主动以员工旷工为由对员工进行仲裁，因为仲裁的申请方通常是认为自身权益受到侵害的一方，而在旷工的情况下，企业若认为员工旷工违反了规章制度，通常会采取内部管理措施，如警告、罚款或解除劳动合同等，而不是直接申请仲裁。

二、企业可能因员工旷工解除劳动合同而成为仲裁被申请人

如果企业因员工旷工而解除了劳动合同，但员工认为企业的解除行为不合法或不合理，那么员工有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求企业承担相应的法律责任。在这种情况下，企业会成为劳动仲裁的被申请人。

三、企业应对员工旷工及仲裁的合法依据与程序

1. 合法依据：

   • 企业应依据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，制定明确的规章制度，对旷工行为及其后果进行规定。
   • 企业在解除劳动合同时，应确保解除行为符合法定程序和条件，如提前通知、支付经济补偿等（若适用）。

2. 应对程序：

   • 如果员工申请仲裁，企业应积极应诉，提供相关证据材料，如考勤记录、规章制度、解除劳动合同的通知等，以证明自己的解除行为合法合理。
   • 企业应遵守劳动争议仲裁委员会的裁决，如果不服裁决，可以在法定期限内向人民法院提起诉讼。

四、员工申请仲裁的注意事项

• 时效限制：员工应在知道或应当知道其权利被侵害之日起一年内申请仲裁，避免错过仲裁时效。
• 证据收集：员工应积极收集并整理相关证据材料，如考勤记录、工作记录、与企业的沟通记录等，以证明自己的主张。
• 仲裁申请：员工应向劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请书，并按被申请人人数提交副本，同时提供身份证明、用人单位的工商登记信息以及相关证据材料等。

五、可能的法律后果

• 如果企业无法提供充分证据证明员工旷工，或其认定旷工的规章制度本身存在不合法、不合理之处，则企业以此为由解除劳动合同将被视为违法解除，可能需要支付赔偿金给员工。
• 赔偿金的计算标准通常为经济补偿标准的二倍，具体按照员工在本单位工作的年限来确定，每满一年支付一个月工资，六个月以上不满一年的按一年计算，不满六个月的则支付半个月工资的经济补偿。

综上所述，企业不能以员工旷工为由直接对员工进行仲裁，但若企业因员工旷工而解除劳动合同且员工认为解除行为不合法时，企业可能成为劳动仲裁的被申请人。在这种情况下，双方应依法行事，通过劳动争议仲裁委员会或人民法院解决纠纷。如果您有进一步的法律问题或需要具体的法律建议，请直接向我咨询。