工程合同价款认定通常需结合合同约定、实际履行情况及法律规定综合判断，具体如下：

1. 合同明确约定价款条款时
   若合同中已明确约定工程总价款（如固定总价、综合单价等），且条款不存在无效情形（如欺诈、胁迫、显失公平等），则直接以合同约定价款作为罚款计算基数。例如：合同总价为1000万元，罚款比例为3%，则罚款金额为30万元。
   法律依据：《民法典》第五百零九条，当事人应按约定全面履行义务；第五百七十七条，违约方需承担违约责任。

2. 合同未明确约定或约定不明时
   若合同未明确价款或条款存在歧义，需结合以下方式认定：

   • 实际履行价款：以双方实际结算金额、已支付款项或工程审计结果为准。例如：合同虽约定“按实结算”，但未明确单价，则需根据工程量清单、市场价等确定实际价款。
     
   • 补充协议或行业惯例：若双方能就价款达成补充协议，按协议执行；若无协议，可参考行业惯例（如定额计价标准）或第三方评估结果。
     法律依据：《民法典》第五百一十条，合同生效后未约定或约定不明时，可协议补充；第五百一十一条，无法达成补充协议的，按合同相关条款或交易习惯确定。

3. 价款调整情形下的认定
   若合同履行过程中发生价款调整（如设计变更、材料涨价等），需以调整后的价款作为罚款基数。例如：原合同价款为800万元，后因设计变更增加200万元，则罚款基数应为1000万元。
   法律依据：《建设工程工程量清单计价规范》第9.1.3条，工程变更导致价款调整的，应按合同约定或实际变更量计算。

4. 罚款比例的合法性审查
   即使合同约定了罚款比例，也需审查其是否合理：

   • 过高或过低调整：若罚款比例显著高于实际损失（如合同价款4%但实际损失仅1%），违约方可请求法院或仲裁机构调整；反之，若比例过低，守约方可主张按实际损失赔偿。
     
   • 强制性规定限制：若行业法规对罚款比例有上限（如某些地区规定不得超过合同价款3%），则超出部分无效。
     法律依据：《民法典》第五百八十五条，约定的违约金过分高于损失的，法院或仲裁机构可予以减少；低于损失的，可予以增加。

建议：

• 签订合同时，明确价款计算方式（如固定总价、可调价等）及罚款比例，避免歧义；
  
• 履行过程中，保留价款调整的书面证据（如变更签证、结算单等）；
  
• 发生争议时，优先协商解决；协商不成，可委托专业机构评估价款或申请司法鉴定。
  

如有具体合同条款或案例细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您详细分析。