在建设工程合同纠纷中，出现质量问题进行处罚时，是按照总承包合同价款来认定还是按照单位工程合同价来罚，并没有一个绝对的、统一的答案，这主要取决于合同的具体约定以及相关法律法规的适用情况。以下从不同角度进行分析：
合同约定优先
若合同中有明确约定：
- 如果总承包合同或单位工程合同中明确规定了质量问题的处罚方式，包括处罚的基数（是总承包合同价款还是单位工程合同价）以及处罚的比例或金额，那么应当首先遵循合同的约定。
- 例如，合同可能规定：“若发生质量问题，将按照单位工程合同价的5%进行处罚。”在这种情况下，就应当按照单位工程合同价来计算处罚金额。
若合同中无明确约定：
- 如果合同中没有明确规定质量问题的处罚方式，或者规定得不够具体、明确，那么就需要依据相关法律法规以及行业惯例来进行判断。
法律法规适用
一般原则：
- 在没有合同具体约定的情况下，可以参考《中华人民共和国民法典》中关于建设工程合同的相关规定，以及《建设工程质量管理条例》等行政法规。
- 这些法律法规通常规定了建设工程的质量标准、质量责任以及质量问题的处理方式，但可能并未直接规定处罚的基数。
处罚基数的确定：
- 如果法律法规没有直接规定处罚的基数，那么可能需要结合案件的具体情况、行业惯例以及公平原则来进行判断。
- 在某些情况下，可能会考虑使用总承包合同价款作为处罚的基数，因为这反映了整个建设工程的规模和价值；而在其他情况下，可能会更倾向于使用单位工程合同价，因为这更直接地关联到发生质量问题的具体部分。
实际操作建议
审查合同：
- 首先，应当仔细审查总承包合同和单位工程合同，看其中是否有关于质量问题处罚的明确约定。
咨询专业意见：
- 如果合同中没有明确约定，或者对合同条款的理解存在争议，建议咨询专业的法律人士或工程专家，以获取更具体、更专业的意见。
考虑行业惯例：
- 在确定处罚基数时，也可以考虑行业内的惯例和做法，这有助于确保处罚的合理性和公正性。
举例说明：
假设一个总承包合同的总价款为1亿元，其中包含多个单位工程。如果其中一个单位工程发生了质量问题，且该单位工程的合同价款为1000万元。如果合同中规定“质量问题将按照发生问题的单位工程合同价的10%进行处罚”，那么处罚金额就是100万元。如果合同中没有明确规定处罚基数，那么就需要根据法律法规、行业惯例以及案件具体情况来进行判断。
总结与建议：
在处理建设工程合同纠纷中的质量问题处罚时，应首先审查合同条款，看是否有明确约定。如果没有约定或约定不明，则应结合相关法律法规、行业惯例以及案件具体情况来进行判断。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。