结论前置：公司查出员工学历有问题，是否影响发放业务提成，需根据具体情况判断，主要涉及公司规章制度、劳动合同约定以及学历真实性对业务提成发放条件的影响。以下从不同角度进行分析：
公司规章制度的角度
- 规章制度合法有效且明确规定：如果公司的规章制度中明确规定了学历是发放业务提成的必要条件，且该规章制度经过民主程序制定、内容合法并已向员工公示，那么在员工学历存在问题的情况下，公司有权依据规章制度拒绝发放或调整业务提成。例如，规章制度中可能规定“员工需具备本科及以上学历，方可享受全额业务提成”，若员工实际学历不符合此要求，公司可据此处理。
- 规章制度未规定或规定不明确：若公司规章制度中未提及学历与业务提成的关系，或规定不明确，则公司不能仅凭学历问题拒绝发放业务提成。此时，公司需依据其他合法依据，如劳动合同约定或实际工作表现等，来决定是否发放及发放的金额。
劳动合同约定的角度
- 劳动合同有明确约定：如果劳动合同中明确约定了学历是发放业务提成的条件之一，且员工在签订合同时提供了虚假的学历信息，那么公司有权依据合同约定拒绝发放或调整业务提成。这是因为员工在签订合同时存在欺诈行为，影响了合同的履行和公司的利益。
- 劳动合同无明确约定：若劳动合同中未提及学历与业务提成的关系，则公司不能仅凭学历问题拒绝发放业务提成。此时，公司应依据员工实际完成的工作任务、业绩以及公司内部的提成政策等来确定提成的发放。
学历真实性对业务提成发放条件的影响
- 学历真实但不符合公司要求：即使员工的学历是真实的，但如果不符合公司规章制度或劳动合同中规定的发放业务提成的条件（如特定专业背景、工作经验等），公司也有权拒绝发放或调整业务提成。不过，这种情况与学历“有问题”（即虚假）是不同的，公司需确保其拒绝发放或调整提成的依据是合法且合理的。
- 学历虚假且影响业务提成发放：如果员工的学历是虚假的，且这种虚假行为直接影响了公司对其业务能力的评估、工作任务的分配或提成的计算等，那么公司有权依据相关法律法规和内部规定拒绝发放或调整业务提成。同时，公司还可以考虑对员工进行纪律处分或解除劳动合同等。
法律建议：
- 对于公司而言，应建立健全的规章制度和劳动合同管理制度，明确学历等条件与业务提成的关系，并确保这些规定经过民主程序制定、内容合法并已向员工公示。同时，在招聘和用工过程中，应加强对员工学历等信息的审核和验证工作，避免虚假信息对公司造成损失。
- 对于员工而言，应如实提供个人信息和资料，遵守公司的规章制度和劳动合同约定。如果因学历等问题与公司发生争议，应积极与公司沟通协商解决；协商不成的，可以依法向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁，或向人民法院提起诉讼。
可能法律后果：
- 如果公司因员工学历问题而拒绝发放或调整业务提成，且该行为缺乏合法依据或违反相关法律法规和内部规定，那么公司可能面临被员工投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等法律风险。
- 如果员工提供虚假学历信息并因此获得不当利益（如高额业务提成），那么员工可能面临被公司追回不当利益、受到纪律处分或解除劳动合同等后果；同时，如果员工的虚假行为构成欺诈等违法行为，还可能面临行政处罚或刑事责任等。
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