针对您提出的“单位违规发放值班补贴怎么处理”的问题，这是一个涉及财经纪律和职务行为廉洁性的重要议题。以下是我根据相关法律法规和实际案例，为您提供的详细解答：

一、违规发放值班补贴的定性

违规发放值班补贴，通常指的是单位违反国家关于公共财产管理、使用的相关制度，自行设定或超出规定标准、范围发放津贴、补贴等行为。这种行为不仅违反了财经纪律，也侵害了职务行为的廉洁性，可能给公共财产造成损失。

二、相关法律法规依据

1. 《中国共产党纪律处分条例》第九十七条：明确规定，违反有关规定自定薪酬或者滥发津贴、补贴、奖金等，对直接责任者和领导责任者，视情节给予警告直至开除党籍处分。

2. 《公职人员政务处分法》第三十五条：规定有违反规定设定、发放薪酬或者津贴、补贴、奖金的，情节较重的，予以警告、记过或者记大过；情节严重的，予以降级或者撤职。

三、违规发放值班补贴的处理方式

1. 内部调查与纠正：

   • 单位应首先进行内部调查，核实违规发放值班补贴的具体情况，包括发放范围、标准、金额等。
   • 一旦确认违规，应立即停止发放，并追回已发放的补贴。

2. 责任追究：

   • 根据违规情节的轻重，对直接责任者和领导责任者进行相应的党纪或政务处分。
   • 处分类型可能包括警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看、开除党籍（针对党员）或警告、记过、记大过、降级、撤职（针对公职人员）。

3. 公开通报与整改：

   • 单位应将违规发放值班补贴的情况及处理结果进行公开通报，以起到警示作用。
   • 同时，应制定整改措施，加强财务管理和内部控制，防止类似问题再次发生。

四、实际案例参考

以河南省尉氏县文广新局为例，该局原局长王某某在任职期间，违规为班子成员发放过节福利，包括值班补贴等，最终受到党内严重警告处分，并追回了违规发放的福利。这一案例充分说明了违规发放津贴、补贴等行为的严重性和处理方式的严肃性。

五、建议与预防措施

1. 加强财经纪律教育：定期组织单位员工学习财经纪律和财务管理制度，提高大家的法律意识和纪律观念。

2. 完善内部控制机制：建立健全财务管理和内部控制制度，明确津贴、补贴等发放的标准和范围，确保发放行为的合规性。

3. 强化监督与检查：加强对单位财务活动的监督和检查，及时发现和纠正违规发放津贴、补贴等行为。

综上所述，单位违规发放值班补贴是一种严重的违纪行为，必须得到严肃处理。单位应加强财经纪律教育、完善内部控制机制、强化监督与检查，以预防类似问题的发生。同时，对于已经发生的违规行为，应依法依规进行严肃处理，以维护职务行为的廉洁性和公共财产的安全。