公司无故扣除加班费是违法的。以下从不同角度为您详细分析：

法律背景

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：

1. 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
2. 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
3. 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

这些规定明确了加班费的支付标准和条件，用人单位必须遵守，无故扣除加班费即违反了上述法律规定。

法律后果

如果公司无故扣除加班费，劳动者有权采取以下措施维护自己的合法权益：

1. 与公司协商：首先，劳动者可以尝试与公司进行协商，要求公司支付被扣除的加班费。这是最直接、最快捷的解决方式。
2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门介入调查，并责令公司支付加班费。
3. 申请劳动仲裁：劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付加班费及可能的赔偿金。仲裁裁决具有法律效力，如果公司不履行，劳动者可以向法院申请强制执行。
4. 提起诉讼：在仲裁裁决后，如果劳动者对裁决结果不满意，还可以向法院提起诉讼，通过司法程序维护自己的合法权益。

实际建议

1. 保留证据：劳动者在主张加班费时，应保留好相关证据，如加班记录、工资条、考勤记录等，以便在协商、投诉、仲裁或诉讼过程中证明自己的加班事实和加班费被扣除的情况。
2. 及时行动：一旦发现公司无故扣除加班费，劳动者应及时采取行动，避免超过法律规定的时效期限，导致自己的权益无法得到保障。
3. 寻求专业帮助：在处理此类纠纷时，劳动者可以寻求专业律师的帮助，以便更好地了解自己的权益和维权途径，提高维权成功率。

综上所述，公司无故扣除加班费是违法的，劳动者有权采取多种措施维护自己的合法权益。如果您遇到此类问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。