劳动合同中仅规定综合薪资而不确定基本底薪，在大多数情况下是不完全合规的，但具体是否违法需结合实际情况判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律层面的分析
必备条款的要求：
- 根据《劳动合同法》的规定，劳动合同应当具备劳动报酬等必备条款。劳动报酬是劳动者提供劳动后应得的回报，对于保障劳动者的基本权益至关重要。底薪作为劳动报酬的一部分，为劳动者提供了正常出勤和履行工作职责基础上的最低收入保障。
- 若劳动合同中未明确约定底薪，仅规定了综合薪资，这可能导致劳动报酬的具体构成不明确，从而违反了劳动合同法关于必备条款的规定。
最低工资标准的限制：
- 无论劳动合同如何约定综合薪资，劳动者的实际工资都不得低于当地政府规定的最低工资标准。这是保障劳动者基本生活的法定底线。
- 如果综合薪资的计算方式导致劳动者实际所得低于最低工资标准，那么这种约定就是违法的。
二、实际操作中的风险
工资构成不明确的风险：
- 仅约定综合薪资可能导致劳动者对工资的具体构成不清楚，包括底薪、绩效、奖金等部分。这在实际操作中可能引发争议，如用人单位可能随意调整工资结构，降低劳动者的整体收入。
- 例如，用人单位可能以综合薪资中已包含绩效为由，拒绝支付劳动者应得的绩效工资，从而损害劳动者的权益。
加班费计算基数的争议：
- 在计算加班工资时，若劳动合同仅约定综合薪资而未明确加班工资的计算基数，容易引发争议。法律规定加班工资通常以劳动合同约定的工资作为计算基数，若仅约定综合薪资，用人单位可能以此为基础计算加班工资，而劳动者可能期望以更高数额的实际工资为基数。
三、合法性判断与建议
合法性判断：
- 如果劳动合同中虽然未明确约定底薪，但通过其他条款（如综合薪资的计算方式、绩效工资的发放条件等）能够清晰确定劳动者的劳动报酬，并且该报酬不低于当地最低工资标准，那么这种合同有可能被认定为合法。
- 然而，如果综合薪资的约定模糊不清，导致劳动者实际所得存在不确定性，或者用人单位通过这种方式恶意规避劳动报酬责任，那么这种约定就是违法的。
建议：
- 明确工资构成：为了保护劳动者的合法权益和避免潜在的纠纷，劳动合同应尽量详细地约定劳动报酬的各项构成，包括底薪、绩效工资、奖金、津贴等各项具体内容。
- 补充约定：如果劳动合同已签订但仅约定了综合薪资，劳动者应及时与用人单位沟通协商，明确工资构成、支付方式等重要事项，并以书面形式补充约定到劳动合同中。
- 保留证据：劳动者在签订劳动合同时，应注意保存工资发放记录、考勤记录等相关证据，以备日后可能的维权之需。
举例说明：假设某劳动合同中仅约定了综合薪资为每月5000元，但未明确底薪、绩效等具体构成。如果在实际履行过程中，用人单位以各种理由扣减工资，导致劳动者实际所得低于当地最低工资标准或低于劳动者预期，那么劳动者可以依据劳动合同法等相关法律规定，要求用人单位支付应得的劳动报酬，并可以通过劳动监察、劳动仲裁等途径维护自身合法权益。
总之，劳动合同中仅规定综合薪资而不确定基本底薪的做法存在诸多法律风险和不规范之处。为了保护自己的合法权益，劳动者在签订劳动合同时应谨慎审查合同条款，确保劳动报酬的具体数额和计算方式得到明确约定。如果您在劳动合同签订或履行过程中遇到任何问题，可以直接向我咨询。