结论前置：行政机关适用规章错误，法院在审查后若确认该错误影响了行政行为的合法性，通常会判决撤销该行政行为。
一、行政机关适用规章错误的表现形式
规章已失效或未生效：行政机关在作出行政行为时，若依据的规章已被新规章取代而失效，或规章尚未生效即被适用，均构成适用规章错误。
规章与上位法冲突：当规章与上位法（如法律、行政法规）存在冲突时，行政机关应优先适用上位法。若行政机关错误地适用了与上位法相冲突的规章，则构成适用规章错误。
规章适用范围错误：规章通常针对特定领域、主体或事项制定。若行政机关在超出规章适用范围的情况下适用规章，亦构成适用规章错误。
对规章条文理解错误：行政机关对规章条文的含义、构成要件等理解有误，导致错误适用规章，同样构成适用规章错误。
二、法院对行政机关适用规章错误的审查与处理
审查标准：法院在审查行政行为时，会严格依据法律、法规及规章的规定，判断行政机关是否正确适用了相关规章。若法院发现行政机关适用规章错误，且该错误影响了行政行为的合法性，法院将依法判决撤销该行政行为。
处理方式：
三、当事人的救济途径
行政复议：当事人对行政机关的行政行为不服，认为其适用规章错误时，可向上级行政机关或法定复议机关申请行政复议。复议机关将依法对原行政行为进行审查，并作出复议决定。
行政诉讼：若当事人对行政复议结果仍不满意，或认为行政机关未依法履行复议职责，可向有管辖权的人民法院提起行政诉讼。法院将依法对行政行为的合法性进行审查，并作出判决。
四、注意事项
证据收集：当事人在主张行政机关适用规章错误时，应收集相关证据，如规章文本、行政行为文书、相关法律法规等，以证明行政机关的错误适用。
法律程序：当事人应了解并遵循行政复议和行政诉讼的程序要求，如申请期限、提交材料等，以确保自身权益得到有效保障。
专业咨询：鉴于法律问题的复杂性，当事人在处理此类问题时，可向我咨询，以获得专业的法律意见和指导。
五、案例参考
以某行政处罚案件为例，行政机关在作出处罚决定时，错误地适用了已失效的规章。当事人不服该处罚决定，提起行政诉讼。法院在审查后认为，行政机关适用规章错误，且该错误影响了处罚决定的合法性，因此判决撤销该处罚决定，并责令行政机关重新作出行政行为。
综上所述，行政机关适用规章错误时，法院在审查后若确认该错误影响了行政行为的合法性，通常会判决撤销该行政行为。当事人在遇到此类问题时，应积极通过行政复议或行政诉讼等途径维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。