行政案件确认程序违法，并不必然导致行政行为被撤销。法院在判决时，会综合考虑多种因素，以确保判决既符合法律法规，又兼顾公共利益和当事人的合法权益。以下是对此问题的详细分析：

一、行政程序违法的定义及常见情形

行政程序是行政主体实施行政行为时所必须遵循的方式、步骤、顺序和时限等规则。行政程序违法，即指行政行为在程序上未按照法律规定的这些要素进行，常见的行政程序违法情形包括：

1. 方式违法：如应以书面形式却采用口头形式；
2. 步骤违法：如跳过必要的环节；
3. 顺序违法：如先执行后决定；
4. 时限违法：如超过法定办理期限。

二、行政程序违法与行政行为撤销的关系

根据《中华人民共和国行政诉讼法》第七十条的规定，行政行为违反法定程序的，人民法院可以判决撤销或者部分撤销，并可以判决被告重新作出行政行为。然而，这并不意味着所有程序违法的行政行为都必须被撤销。

三、不撤销行政行为的情形及理由

在特定情形下，即便行政行为存在程序违法，法院也可能选择确认其违法但不予以撤销。这些情形主要包括：

1. 行政行为依法应当撤销，但撤销会给国家利益或社会公共利益造成重大损害。例如，政府为应对突发公共卫生事件而紧急实施的行政征用行为，虽在程序上存在瑕疵，但若已实际执行且对控制疫情发挥了关键作用，法院可能基于公共利益考虑不撤销该行政行为。
2. 行政行为程序轻微违法，但对原告权利不产生实际影响。如行政机关在作出行政许可决定时，仅在送达相关文书的期限上超出法定时限一两天，且该许可内容本身合法，及时送达并未影响当事人实际获得许可权益，这种情况下就属于程序轻微违法可不撤销。
3. 行政行为违法，但不具有可撤销内容。这通常指的是那些已经执行完毕且无法恢复原状的行政行为，例如行政机关已经完成的行政处罚行为，且该处罚行为已经执行完毕，无法再恢复到处罚前的状态。

四、撤销行政行为的情形

如果行政程序违法严重影响到行政行为的合法性基础，或者对当事人的实体权利产生实质性的损害，法院通常会判决撤销行政行为。例如，行政机关在作出责令停产停业的行政处罚决定时，完全剥夺了当事人的陈述、申辩以及听证权利，这种严重的程序违法可能导致当事人无法充分维护自身权益，作出的处罚决定难以保证公正性，此时法院大概率会撤销该行政行为。

五、法律后果与补救措施

1. 确认违法但不撤销：法院在确认行政行为违法的同时，可以判决被告采取补救措施，如重新进行告知、举行听证等，以弥补程序违法给原告造成的不利影响。同时，如果行政行为给原告合法权益造成了实际损害，且原告在行政诉讼中一并提出赔偿请求，法院还会根据原告所受损失情况，判决被告给予相应的赔偿。
2. 撤销行政行为：行政行为被撤销后，该行为自作出之日起就不具有法律效力。如果因该行政行为给行政相对人的权益造成了损害，行政机关可能需要采取措施恢复到行政行为作出前的状态，并依法承担赔偿责任。

总结与建议：

行政程序违法并不必然导致行政行为被撤销。法院在判决时会综合考虑行政行为的性质、程序违法的严重程度、对当事人权益的影响程度以及撤销可能带来的后果等因素。因此，在面对行政程序违法的情况时，建议当事人及时咨询专业律师，了解自身权益和可能的法律后果，以便更好地维护自己的合法权益。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。