结论：农村集体土地耕种五十多年后，政府划拨给部队且部队办理了不动产权证，这一行为是否合法，需结合具体情况判断，主要从土地性质、划拨程序、权属变更登记的合法性三个角度进行分析。

1. 土地性质角度

• 集体土地性质：首先，需明确该土地是否原本就属于农村集体所有。根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，农村和城市郊区的土地，除由法律规定属于国家所有的以外，属于农民集体所有。若该土地原本就是集体所有，则政府划拨前需确保已依法完成土地征收程序，将集体土地转变为国有土地。
• 土地征收程序：若土地需从集体所有转变为国有，政府应依法进行土地征收，包括发布征收公告、进行土地现状调查、组织听证、签订补偿安置协议等步骤，并确保补偿到位。若未依法完成征收程序，则政府直接划拨集体土地给部队的行为可能涉嫌违法。

2. 划拨程序角度

• 划拨土地的合法性：即使土地已依法征收为国有，政府划拨土地给部队也需符合《中华人民共和国土地管理法》及相关法规关于土地划拨的规定。这通常涉及土地用途的符合性（如是否为军事用地）、划拨程序的合规性（如是否经过有权机关批准）等。
• 部队使用土地的合法性：部队作为特殊主体，其使用土地需符合军事用途，并遵守国家关于土地管理的相关规定。若部队使用土地不符合其军事用途或违反土地管理法规，则可能面临法律责任。

3. 权属变更登记的合法性角度

• 不动产权证的办理：部队在获得土地使用权后，需依法办理不动产权证，以确认其土地使用权。不动产权证的办理需基于合法的土地权属来源和合规的登记程序。若部队在办理不动产权证过程中存在弄虚作假、违规操作等行为，则该不动产权证可能无效。
• 权属变更的公示公信：不动产权证的办理还涉及权属变更的公示公信问题。若部队在办理不动产权证前未依法进行权属变更登记或公示，则可能损害原集体土地所有者或其他相关权利人的利益。

综合分析：

• 若政府依法完成了土地征收程序，将集体土地转变为国有土地，并依法划拨给部队使用，且部队依法办理了不动产权证：则这一行为是合法的。
• 若政府未依法完成土地征收程序，或划拨程序存在违规，或部队在办理不动产权证过程中存在弄虚作假等行为：则这一行为可能涉嫌违法，相关权利人可依法寻求法律救济。

建议：

• 核实土地征收和划拨程序：若您对该土地的征收和划拨程序存在疑问，建议向当地土地管理部门或政府相关部门查询相关档案和资料，以核实程序的合法性。
• 咨询专业律师：若您认为该行为侵犯了您的合法权益，或您对该行为的合法性存在进一步疑问，建议咨询专业律师，以便根据具体情况制定合适的法律策略。

如有任何法律问题，可以直接向我咨询，我将结合您的具体情况，提供专业的法律意见。