结论：村里的土地开始是租赁五十年，到了二十年又变成国有土地，这一行为是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从几个关键角度进行分析：

1. 土地租赁合同的性质与期限：

   • 土地租赁合同是双方约定在一定期限内，承租人支付租金，出租人提供土地使用权给承租人使用的协议。
   • 租赁期限通常受到法律限制，例如，根据《民法典》的相关规定，租赁期限不得超过二十年，超过部分无效（但当事人约定续订的除外，且续订期限也不得超过二十年）。若原租赁合同约定五十年，则超出二十年的部分在法律上可能被视为无效或需要重新协商。

2. 土地性质变更的合法性：

   • 土地从集体所有变为国有，通常涉及土地征收或征用程序，这需要政府根据公共利益的需要，并依照法定程序进行。
   • 土地征收必须遵循严格的法律程序，包括发布征收公告、进行土地现状调查、组织听证、签订补偿协议等。若未经这些程序，直接将土地从集体所有变为国有，则可能构成违法。

3. 租赁合同与土地性质变更的关系：

   • 租赁合同本身并不改变土地的所有权性质。即使租赁合同有效，土地的所有权仍然属于出租方（如集体经济组织）。
   • 若在租赁期间，土地因政府征收而变为国有，这通常会影响租赁合同的继续履行。此时，承租人可能有权获得相应的补偿，但具体补偿方式和金额需根据租赁合同和征收补偿政策来确定。

4. 可能的法律后果：

   • 若土地性质变更程序合法，且租赁合同中未对此类情况作出特别约定，则承租人可能需要接受土地被征收的事实，并按照征收补偿政策获得相应补偿。
   • 若土地性质变更程序违法，或租赁合同中对此类情况有特别约定（如承租人有权在土地被征收时获得特定补偿或优先续租权等），则承租人可能有权通过法律途径维护自己的权益。

建议：

• 若您面临此类情况，首先应仔细审查租赁合同中的相关条款，了解双方的权利和义务。
• 其次，应咨询当地政府或相关部门，了解土地性质变更的具体程序和法律依据。
• 最后，若认为自己的权益受到侵害，应及时收集证据，并通过法律途径（如协商、调解、仲裁或诉讼等）来维护自己的权益。

如有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。