结论：不动产权证上记载的土地来源与不动产登记簿不一致时，不动产权证的合法性需结合具体情况判断，不能直接认定其不合法。以下从不同角度进行分析：
一、不动产登记簿与不动产权证的关系
不动产登记簿是物权归属和内容的根据，具有公示公信效力。不动产权证则是权利人持有以证明其物权的凭证，其内容应与不动产登记簿一致。若两者记载内容不一致，通常应以不动产登记簿为准，但这并不意味着不动产权证必然不合法。
二、可能的情况分析
登记错误：
- 若不动产登记簿或不动产权证中的土地来源记载存在错误，如因登记机构工作疏忽或申请人提供虚假材料导致，则错误记载的一方（或双方）需通过更正登记程序进行纠正。
- 在此情况下，不动产权证的合法性取决于其是否能通过更正登记程序与不动产登记簿保持一致。若能及时更正，则不动产权证仍可视为合法有效；若未能更正，则可能因记载内容不实而影响其法律效力。
历史遗留问题：
- 在某些情况下，由于历史原因或政策变迁，土地来源的记载可能存在差异。例如，原土地为交接而来，后因政策调整或规划变更，被重新认定为划拨土地。
- 对于此类历史遗留问题，需结合具体政策、法规及历史文件进行综合判断。若不动产权证的记载符合当时政策、法规及历史文件的要求，则其仍可视为合法有效。
合法变更：
- 若土地来源因合法原因发生变更（如从交接变为划拨），且该变更已依法办理相关手续并更新至不动产登记簿，则不动产权证上记载的划拨来源应为合法有效。
- 在此情况下，不动产登记簿与不动产权证的不一致可能是由于更新不及时或信息同步问题导致，需通过补办相关手续或更新登记信息来解决。
三、法律建议
核实登记信息：
- 建议权利人首先核实不动产登记簿与不动产权证上的土地来源记载是否确实存在不一致，并确认该不一致是否因登记错误、历史遗留问题或合法变更等原因导致。
咨询登记机构：
- 若存在不一致情况，权利人可咨询当地不动产登记机构，了解具体原因及解决方案。登记机构将根据实际情况指导权利人办理更正登记、补办手续或更新登记信息等。
寻求法律帮助：
- 若权利人对登记机构的解释或处理结果存在异议，或认为自身权益受到侵害，可寻求专业律师的帮助。律师将根据具体情况提供法律意见，并协助权利人通过法律途径维护自身权益。
总结：不动产权证上记载的土地来源与不动产登记簿不一致时，不能直接认定其不合法。需结合具体情况判断是否存在登记错误、历史遗留问题或合法变更等原因，并采取相应的解决措施。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。