公司与司机签署买卖协议，在符合法律法规和双方真实意愿的情况下，是合法的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、协议合法性的基本前提
主体资格：
- 公司作为法人实体，具有签订合同的民事权利能力和行为能力。
- 司机作为自然人，同样具有签订合同的民事权利能力和行为能力（假设司机为完全民事行为能力人）。
协议内容：
- 买卖协议的内容应合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得违背公序良俗。
- 协议应明确双方的权利和义务，包括但不限于买卖标的、价格、交付方式、付款方式、违约责任等。
双方真实意愿：
- 协议的签订应基于双方的真实意愿，不存在欺诈、胁迫等情形。
二、可能涉及的合法性问题及分析
司机是否具备出售资格：
- 如果司机出售的是其个人财产（如私家车），则其具备出售资格。
- 如果司机出售的是公司财产（如公司车辆），则需确认其是否得到公司的授权或代表公司行事。未经授权出售公司财产可能构成无权处分，甚至可能涉及职务侵占等违法行为。
协议是否违反公司规定或行业规范：
- 公司内部可能有关于资产处置、合同签订等方面的规定。如果协议违反这些规定，可能面临内部纪律处分或法律责任。
- 某些行业可能有特定的规范或标准，协议需符合这些规范或标准，否则可能面临行业处罚或法律责任。
协议是否涉及第三方权益：
- 如果买卖协议涉及第三方权益（如车辆存在抵押、质押等情况），则需确保第三方的权益得到妥善处理，否则可能引发法律纠纷。
三、法律建议
审查协议内容：
- 在签订买卖协议前，应仔细审查协议内容，确保其合法、合规、明确。
确认主体资格和授权：
- 确认双方（特别是司机一方）是否具备签订协议的主体资格和授权。
咨询专业法律意见：
- 如果对协议的合法性存在疑虑，建议咨询专业律师，以获取更具体的法律意见。
保留相关证据：
- 在签订和履行协议过程中，应保留相关证据（如协议文本、付款凭证、交付凭证等），以备不时之需。
四、可能的法律后果
协议无效：
- 如果协议违反法律、行政法规的强制性规定或违背公序良俗，可能被认定为无效。
承担法律责任：
- 如果协议存在欺诈、胁迫等情形，或未经授权出售公司财产等违法行为，相关方可能需承担法律责任（如民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任）。
总结：公司与司机签署买卖协议在符合法律法规和双方真实意愿的情况下是合法的。但为确保协议的合法性和有效性，建议在签订前仔细审查协议内容、确认主体资格和授权、咨询专业法律意见，并保留相关证据。如有任何法律问题，可以直接向我咨询。