结论：工资不到五千罚款两千是否合法，需根据罚款的主体和依据来判断。一般情况下，用人单位无权对员工进行罚款，此类行为不合法；但若罚款主体为行政机关，且符合相关法律法规的规定，则可能是合法的。以下为详细分析：
一、用人单位罚款的合法性分析
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当依法建立和完善规章制度，保障劳动者享有劳动权利和履行劳动义务。然而，这些法律并未明确赋予用人单位对员工进行罚款的权力。
- 实际上，原《企业职工奖惩条例》中曾规定企业有权对员工进行罚款，但该条例已于2008年1月15日被国务院令第516号废止。因此，从现行法律来看，用人单位无权对员工进行罚款。
实践操作：
- 在实践中，一些用人单位可能会通过规章制度或劳动合同中的条款来设定罚款规则。然而，这些条款往往因违反法律强制性规定而被认定为无效。
- 如果用人单位以罚款为由扣减员工工资，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位返还被扣减的工资。
特殊情况：
- 尽管一般情况下用人单位无权罚款，但在某些特定情况下，如员工因故意或重大过失给用人单位造成经济损失时，用人单位可以依据劳动合同或规章制度要求员工承担赔偿责任。但这种赔偿应限于员工因过错造成的直接经济损失，且赔偿金额应合理，不得超过员工当月工资的20%（若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付）。
二、行政机关罚款的合法性分析
法律依据：
- 行政机关对公民、法人或其他组织进行罚款，必须依据法律、法规或规章的规定。这些规定会明确罚款的条件、范围和程序。
- 例如，根据《中华人民共和国道路交通安全法》的规定，对于违反交通规则的行为，公安机关交通管理部门有权对违法行为人进行罚款。
实践操作：
- 行政机关在实施罚款时，必须遵循法定程序，如出示执法证件、告知罚款理由和依据、听取当事人的陈述和申辩等。
- 如果当事人对罚款决定不服，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。
与工资的关系：
- 行政机关的罚款与员工的工资无直接关系。罚款是针对违法行为人的处罚措施，而工资是员工因提供劳动而应获得的报酬。
- 因此，即使员工的工资不到五千元，如果其因违法行为被行政机关罚款两千元，这一罚款决定也是基于违法行为本身，而非员工的工资水平。
三、建议与总结
对于用人单位：
- 应遵守法律法规，不得随意对员工进行罚款。如需对员工进行管理或约束，应通过合法途径如制定合理的规章制度、签订劳动合同等来实现。
对于员工：
- 如遇到用人单位非法罚款的情况，应勇敢维护自己的合法权益，向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 同时，也应遵守法律法规和用人单位的规章制度，避免因违法行为而给自己带来不必要的麻烦。
总结：
- 工资不到五千罚款两千是否合法，取决于罚款的主体和依据。用人单位一般无权对员工进行罚款；而行政机关在符合法律法规规定的情况下可以对违法行为人进行罚款。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。