针对你提出的问题，即大专生自主实习直接签订了劳动合同，但学校要求签三方协议而公司不给盖章的情况，以下是我的分析和建议：
一、理解三方协议与劳动合同的性质及关系
三方协议：通常指的是毕业生、用人单位和学校三方之间签订的就业协议，它主要用于明确毕业生在就业过程中的权利和义务，以及学校在就业推荐和派遣中的责任。三方协议并非劳动合同，不涉及具体的劳动条件和待遇。
劳动合同：是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。它详细规定了工作内容、工作地点、工作时间、劳动报酬、社会保险等劳动条件。
关键点：三方协议和劳动合同在性质和目的上有所不同。三方协议更多是就业意向的体现，而劳动合同则是具体劳动关系的确认。因此，即使已经签订了劳动合同，也不意味着三方协议就失去了其存在的意义，尤其是在学校需要统计就业率或进行就业管理时。
二、公司不给盖章的可能原因及应对策略
公司政策或流程：有些公司可能出于内部政策或流程的原因，不愿意或无法在三方协议上盖章。这种情况下，你可以尝试与公司的人力资源部门沟通，了解具体原因，并探讨是否有其他替代方案，如提供劳动合同的复印件或其他证明文件。
法律义务与责任：从法律角度讲，公司没有必须在你提供的三方协议上盖章的义务。但是，如果学校要求必须提交三方协议作为毕业或就业证明的一部分，而公司又拒绝盖章，这可能会给你带来一定的困扰。
应对策略：
与学校沟通：首先，你可以尝试与学校就业指导中心或相关老师沟通，说明情况，看是否可以提供其他证明文件来替代三方协议，或者学校是否有其他灵活的处理方式。
与公司协商：继续与公司协商，看是否可以达成某种共识，比如公司可以出具一份正式的函件，说明你已经与公司签订了劳动合同，并确认了就业意向。
法律途径：如果上述方法都无效，且你认为学校的这一要求侵犯了你的合法权益（比如影响了你的毕业或就业），你可以考虑咨询法律专业人士，看是否可以通过法律途径来解决。但这种情况相对较少见，且法律途径可能耗时耗力。
三、后续行动建议
保持沟通：与学校和公司都保持积极的沟通，尽量通过协商来解决问题。
了解政策：熟悉学校和公司的相关政策，以便更好地应对可能出现的问题。
准备替代方案：提前准备一些可能的替代方案，如提供劳动合同的复印件、公司出具的就业证明等，以备不时之需。
总结：面对学校要求签三方协议而公司不给盖章的情况，你需要理解三方协议与劳动合同的性质及关系，积极与公司沟通了解原因并探讨替代方案，同时与学校协商看是否可以提供其他证明文件。如果问题无法解决，且你认为自身权益受到侵害，可以考虑咨询法律专业人士。有问题可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。