船员合同期未满离船，是否会扣工资，这主要取决于合同的具体约定以及离船的原因。以下从不同角度为你详细分析：
一、合同有明确约定的情况
如果船员与雇主签订的劳动合同中，明确规定了合同期未满离船的违约责任，包括是否扣工资以及扣工资的具体比例或金额，那么应当按照合同约定执行。这是基于《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议，双方应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。
例如，如果合同中约定：“船员在合同期未满的情况下擅自离船，将扣除其当月工资的50%作为违约金。”那么，在这种情况下，船员离船后，雇主有权按照合同约定扣除其相应比例的工资。
二、合同无明确约定或约定不明的情况
如果劳动合同中没有明确规定合同期未满离船的违约责任，或者约定不明确，那么雇主一般不能随意扣除船员的工资。根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
在这种情况下，如果船员因个人原因（如家庭突发情况、健康问题等）需要提前离船，建议与雇主进行协商，尽量达成一致意见。如果协商不成，船员可以依法向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁，维护自己的合法权益。
三、特殊情况下的处理
船员因雇主原因离船：如果船员离船是因为雇主的原因（如雇主未按照合同约定提供劳动条件、未及时支付工资等），那么船员不仅有权要求雇主支付全额工资，还有权要求雇主承担相应的违约责任。
船员因不可抗力离船：如果船员因不可抗力（如自然灾害、战争等）无法继续履行合同，那么在这种情况下，船员离船一般不视为违约，雇主也不应扣除其工资。但船员应及时通知雇主，并提供相关证明材料。
总结与建议：
船员合同期未满离船是否会扣工资，主要取决于合同的具体约定以及离船的原因。如果合同中有明确约定，应按照约定执行；如果合同无明确约定或约定不明，雇主一般不能随意扣除工资。在特殊情况下，如因雇主原因或不可抗力离船，船员有权要求雇主支付全额工资并承担相应责任。
建议船员在签订劳动合同时，务必仔细阅读合同条款，特别是关于违约责任的部分，确保自己的权益得到充分保障。如果遇到相关问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。