员工合同到期自离，一般情况下不应被扣工资，但特殊情形除外。以下是对这一问题的详细分析：
一、一般情况下工资支付的原则
根据《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》以及《工资支付暂行规定》，劳动者提供正常劳动后，用人单位有义务按月以货币形式支付相应的工资报酬。这意味着，即使员工选择自行离职（自离），对于其实际工作期间所产生的劳动成果，用人单位也应当按照约定支付工资，不得无故克扣或拖欠。例如，员工与公司签订了一年期的劳动合同，合同到期后员工选择自离，但员工在合同期间内已经完成了所有工作任务，那么公司应当全额支付员工工资。
二、特殊情形下的工资扣除
尽管一般情况下员工自离不应被扣工资，但在某些特殊情形下，用人单位有权依据法律法规和合同约定扣减工资。这些特殊情形主要包括：
给单位造成经济损失：
- 如果员工的自离行为给用人单位造成了直接经济损失，且用人单位能够证明损失金额，那么用人单位有权要求员工进行赔偿。这种赔偿可以从员工的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则用人单位需按最低工资标准支付。例如，员工在自离前未妥善交接工作，导致公司遭受了经济损失，公司可以依法从员工工资中扣除一定比例的金额作为赔偿。
违反合同约定或规章制度：
- 劳动合同中会明确双方的权利和义务，以及员工应遵守的规章制度。若员工违反了这些约定或规章制度，用人单位可依据合同约定扣减工资。例如，合同中约定了员工离职需提前通知的期限，但员工未提前通知而擅自离职，且合同中明确约定了此种情况下的工资扣除条款，那么用人单位可以依据约定扣除相应金额。不过，这种扣除必须合理且符合法律法规的规定，不能随意扩大扣除范围或提高扣除比例。
三、劳动者的权益保障与维权途径
- 权益保障：用人单位在扣除工资时，必须有明确的法律依据或合同约定，并且要遵循法定程序。员工有权了解自己的工资构成和扣除情况，并要求用人单位提供详细的工资清单和扣除依据。
- 维权途径：如果员工认为用人单位克扣工资的行为不合理或不合法，首先可以与用人单位协商解决；协商不成的，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，员工应提供充分的证据来证明自己的主张，如工资条、劳动合同、工作记录等。
四、建议与注意事项
- 提前沟通：为了避免不必要的纠纷和损失，建议员工在合同到期前与用人单位进行沟通，明确离职手续和薪资结算等事宜。这有助于双方更好地了解彼此的需求和期望，从而达成共识并顺利办理离职手续。
- 按流程离职：员工应按照用人单位的规章制度和流程办理离职手续，包括工作交接、归还公司财物等。这有助于确保工作的连续性和公司的正常运营，同时也有助于员工维护自己的职业声誉和未来的就业机会。
- 保留证据：在办理离职手续和薪资结算过程中，员工应妥善保留相关证据，如离职证明、薪资结算单等。这些证据在后续可能出现的纠纷中将成为重要的法律依据和证明材料。
综上所述，员工合同到期自离时，一般情况下不应被扣工资，但在特殊情形下用人单位有权依据法律法规和合同约定扣减工资。为了维护自己的合法权益和避免不必要的纠纷，建议员工在离职前与用人单位进行充分沟通并按流程办理离职手续。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。