核心结论：若单位已结清工程款但背后老板跑路，您可通过法律途径追讨欠款，具体需结合实际情况采取不同措施。以下是详细分析：

核心前提

您作为工程款的实际债权人（如承包方、分包方或材料供应商等），单位已按合同约定结清工程款至老板个人或其指定账户，但老板因个人原因（如恶意逃债、经营失败等）失联或拒绝支付您应得款项。

具体措施与法律依据

1. 确认债权关系与证据收集

   • 核心要点：首先需明确您与老板之间的法律关系（如劳务合同、分包合同、买卖合同等），并收集相关证据，包括合同、结算单、付款记录、沟通记录（微信、短信、录音等）等。
     
   • 法律依据：根据《民法典》第四百六十五条，依法成立的合同受法律保护，当事人应按约定履行义务。若老板未履行付款义务，您有权要求其承担违约责任。

2. 向单位主张连带责任（如适用）

   • 核心要点：若单位在结清工程款时存在过错（如明知老板无支付能力仍向其付款、未核实您是否收到款项等），您可尝试要求单位承担连带责任。
     
   • 法律依据：根据《民法典》第五百九十三条，因第三人原因造成违约的，违约方仍需向对方承担违约责任。但实践中，单位通常仅在存在过错时承担责任，需结合具体证据判断。
     
   • 建议：若单位已按合同约定将款项支付至老板账户，且无其他过错，单位可能无需承担责任。此时需直接向老板追讨。

3. 通过法律程序追讨欠款

   • 核心要点：若老板跑路且拒绝沟通，您可向法院提起民事诉讼，要求其支付欠款及利息。若老板下落不明，法院可公告送达并缺席判决。判决生效后，您可申请强制执行其财产（如银行账户、房产、车辆等）。
     
   • 法律依据：根据《民事诉讼法》第一百二十二条，起诉需有明确的被告、具体的诉讼请求和事实理由。若老板失联，法院可依法公告送达。
     
   • 补充措施：若老板涉嫌恶意逃债或诈骗，您可向公安机关报案，追究其刑事责任（如拒不执行判决、裁定罪或合同诈骗罪）。

4. 申请老板破产（如适用）

   • 核心要点：若老板为个体工商户或个人独资企业主，且其财产不足以清偿全部债务，您可向法院申请其破产，通过破产程序分配剩余财产。
     
   • 法律依据：根据《企业破产法》第二条，债务人不能清偿到期债务的，债权人可申请破产。但个人破产制度目前仅在部分地区试点（如深圳），需结合当地政策。

风险提示与建议

• 时效性：民事诉讼的时效为3年，自您知道或应当知道权利受损之日起计算。建议尽快起诉，避免超过时效。
  
• 执行难度：若老板无财产可供执行，法院可能终结本次执行程序。此时需持续关注其财产动态，或通过追加被执行人等方式扩大执行范围。
  
• 协商优先：若老板仍有还款意愿，可尝试协商分期付款或以物抵债，降低诉讼成本。

总结：单位结清工程款后老板跑路，您需优先通过法律程序追讨欠款，同时结合证据情况考虑是否向单位主张责任。如有具体证据或合同条款需要分析，可直接向我咨询，我会为您制定更详细的解决方案。