核心结论：针对您做工程交了100万保证金老板跑路的情况，您可以通过以下途径来维护自身权益：收集证据、尝试协商、向相关部门投诉、提起民事诉讼、考虑刑事报案。

具体分析：

1. 收集证据：

   • 首先，您需要尽可能收集与这笔保证金相关的所有证据，包括但不限于合同、转账记录、收据、聊天记录、邮件往来等。这些证据将对您后续的维权行动至关重要。

2. 尝试协商：

   • 在掌握一定证据后，您可以尝试通过电话、邮件或其他方式与老板取得联系，表达您的诉求，并尝试协商解决方案。虽然老板已经跑路，但有时候通过第三方（如共同的朋友、合作伙伴等）可能能够找到其下落或促使其出面解决问题。

3. 向相关部门投诉：

   • 如果协商无果，您可以向当地的建设行政主管部门（如住建局）或市场监管部门投诉，反映老板跑路、保证金未退还的情况。这些部门可能会介入调查，并尝试协调解决纠纷。

4. 提起民事诉讼：

   • 如果投诉仍未能解决问题，您可以考虑向法院提起民事诉讼，要求老板返还保证金并赔偿损失。在提起诉讼前，请确保您已经准备好了充分的证据，并咨询了专业律师的意见，以确保诉讼的顺利进行。
   • 在诉讼过程中，您需要按照法院的要求提交证据、参加庭审等。如果法院最终判决您胜诉，但老板仍不履行判决，您可以申请法院强制执行。

5. 考虑刑事报案：

   • 如果老板跑路的行为涉嫌诈骗或其他刑事犯罪，您还可以向公安机关报案。公安机关在立案侦查后，如果认为老板的行为构成犯罪，将会依法追究其刑事责任。同时，您作为被害人，也有权在刑事诉讼过程中提出附带民事诉讼，要求老板赔偿您的损失。

额外建议：

• 在整个维权过程中，请保持冷静和理性，避免采取过激行为或言语攻击，以免对自身造成不必要的麻烦。
• 考虑到法律程序的复杂性和专业性，建议您在必要时寻求专业律师的帮助，以确保您的权益得到充分保障。

如果您在维权过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。