在一般耕地上，即使镇政府同意，未经法定审批程序建设厂房仍可能构成违建，但若符合特定条件并完成审批，则可能合法。以下是对此问题的详细分析：
一、通常情况下可能构成违建
法律依据与土地用途管制：
- 根据《土地管理法》及相关法律法规，我国实行严格的土地用途管制制度，耕地主要用于农业生产，未经批准不得擅自改变其用途。这是为了保护耕地资源，确保粮食安全和农业可持续发展。
- 若未经依法批准，擅自在耕地上建设厂房，将违反土地用途管制制度，通常会被相关部门认定为违法建筑。
违规后果：
- 违法建筑可能面临限期拆除、恢复土地原状的处罚。
- 还可能被处以罚款等行政处罚，对建设者造成经济损失。
二、特殊情况下的合法性
农用地转用审批：
- 若建设者按照法定程序，向相关部门提出申请，并经过农用地转用审批手续以及其他必要的规划、建设审批，将耕地合法转变为建设用地，则在此土地上建设厂房不属于违建。
- 这一过程中，需要确保审批程序的合法性和审批权限的合规性，避免越权审批或违反法定程序。
特殊项目需求：
- 因国家能源、交通、水利、军事设施等重点建设项目需要，经有批准权的人民政府批准后，可以将耕地转为建设用地用于建设相关的厂房或设施。这种情况下，建设行为是合法的。
- 但此类项目通常需经过严格的审批程序，并符合国家和地方的相关规划要求。
镇政府批准的局限性：
- 镇政府作为基层政府，其审批权限通常受到上级政府的限制。在耕地转为建设用地的问题上，镇政府可能无权直接批准，而需报请上级政府审批。
- 因此，即使镇政府同意在耕地上建设厂房，若未获得上级政府的批准，该建设行为仍可能构成违建。
三、建议与风险提示
咨询当地自然资源部门：
- 在决定是否在耕地上建设厂房前，务必咨询当地的自然资源部门或相关规划部门，了解具体的政策和审批要求。
- 这有助于避免因违法建设而带来不必要的损失和法律风险。
遵守法律法规：
- 严格遵守土地管理法律法规和城乡规划法律法规，不擅自改变土地用途或进行违法建设。
- 确保建设行为符合国家和地方的相关规划要求，以维护自身的合法权益。
风险防范：
- 对于可能存在的法律风险，如政策变化、审批流程复杂等，应提前进行风险评估和应对准备。
- 可以考虑在建设前与相关部门进行沟通协商，明确建设方案和审批流程，以降低法律风险。
举例说明：假设某企业计划在耕地上建设厂房，并获得了镇政府的同意。然而，在未经上级政府批准的情况下擅自开工建设。这种情况下，该厂房很可能被认定为违建，并面临限期拆除、恢复土地原状以及罚款等处罚。因此，企业在决策前应充分了解相关法律法规和政策要求，确保建设行为的合法性。
总结来说，在一般耕地上建设厂房的合法性取决于是否经过法定程序的审批和是否符合土地利用总体规划。未经批准擅自建设将面临严重的法律后果。因此，建议建设单位或个人在决策前充分了解相关法律法规和政策要求，并咨询当地自然资源部门或相关规划部门的意见，以确保建设行为的合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。