针对您提出的“领导指示下属套取工程款，领导不承认怎么办”的问题，以下是我的详细分析和建议：
一、法律背景与责任分析
套取工程款的法律性质：
- 套取工程款通常涉及虚构事实、隐瞒真相等手段，以非法占有为目的，骗取工程款项。这种行为可能构成诈骗罪或其他相关犯罪，具体取决于套取的金额、手段及后果。
领导与下属的责任划分：
- 如果领导确实指示下属套取工程款，那么领导作为主谋或教唆者，应承担主要法律责任。
- 下属作为执行者，如果明知是非法行为而参与，也应承担相应的法律责任。但下属的责任可能相对较轻，具体取决于其在行为中的作用和知情程度。
二、应对策略与建议
收集证据：
- 关键步骤：首要任务是收集能证明领导指示套取工程款的证据。这包括但不限于书面指示、邮件、短信、录音、录像等。
- 证据要求：证据应真实、合法、有效，能够清晰地证明领导指示套取工程款的事实。
内部沟通与协商：
- 尝试沟通：在掌握一定证据后，可以尝试与领导进行沟通，明确指出其行为的不当性，并要求其承认并纠正错误。
- 协商解决：如果领导愿意承认并纠正错误，可以协商制定解决方案，如退还套取的款项、承担相应责任等。
向相关部门举报：
- 举报途径：如果内部沟通无果，可以向公司内部的监察部门、审计部门或上级领导举报。
- 外部举报：同时，也可以向相关监管部门（如建设部门、财政部门等）或公安机关举报，要求其介入调查。
寻求法律援助：
- 咨询律师：在举报或采取其他法律行动前，建议咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能面临的法律风险。
- 法律诉讼：如果证据充分且领导拒不承认，可以考虑通过法律诉讼途径维护自己的合法权益。
三、可能的法律后果
对领导的法律后果：
- 如果领导的行为构成犯罪，将面临刑事处罚，如有期徒刑、罚金等。
- 即使不构成犯罪，也可能面临行政处罚或公司内部的纪律处分。
对下属的法律后果：
- 下属如果参与套取工程款，也可能面临相应的法律责任，但具体责任取决于其在行为中的作用和知情程度。
四、预防与警示
加强内部管理：
- 公司应建立健全的内部管理制度，加强对工程款项的监管和审计，防止类似事件的发生。
提高法律意识：
- 员工应增强法律意识，明确自己的权利和义务，不参与任何非法行为。
及时举报与维权：
- 如果发现类似违法行为，应及时向相关部门举报，并维护自己的合法权益。
如果您或他人正面临此类问题，建议立即收集证据并咨询我，以便根据具体情况制定合适的应对策略。在处理此类问题时，务必保持冷静和理性，依法维护自己的合法权益。