将自建房租给他人用于商业开工厂是否合法，需分情况讨论：

1. 若自建房本身合法且符合规划用途：

   • 根据《中华人民共和国民法典》及相关规定，房屋所有权人有权依法对自己的不动产行使占有、使用、收益和处分的权利。这意味着，如果您的自建房是合法建造的，且规划用途允许商业活动（或未明确禁止商业活动），那么您有权将其出租给他人用于商业开工厂。
   • 但需注意：即使房屋合法且规划用途允许，出租前仍需确保房屋结构安全、消防设施完备，并符合当地关于工业厂房或商业用房的相关规定。此外，还需与承租方明确租赁用途、租赁期限、租金支付方式等条款，并签订书面租赁合同，以保障双方权益。

2. 若自建房存在违法情形或规划用途不符：

   • 如果您的自建房是违法建造的（如未取得建设工程规划许可证或未按许可证建设），或者规划用途明确禁止商业活动，那么将其出租给他人用于商业开工厂将是违法的。
   • 违法后果：不仅可能面临行政处罚（如罚款、拆除违法建筑等），还可能因承租方在违法建筑内从事商业活动而引发安全事故，导致您承担连带责任。

3. 特殊区域或行业的限制：

   • 某些特殊区域（如居民区、学校周边等）或行业（如食品加工、危险化学品生产等）可能对商业活动有额外的限制或要求。在将自建房出租给他人用于商业开工厂前，需了解并遵守这些特殊规定。
   • 建议：在出租前，可咨询当地规划、环保、消防等部门，了解房屋所在区域的具体规划和限制要求，确保租赁活动合法合规。

法律建议：

• 在将自建房出租给他人用于商业开工厂前，务必确保房屋合法且符合规划用途。
• 签订书面租赁合同，明确双方权利和义务，特别是租赁用途、租赁期限、租金支付方式等关键条款。
• 了解并遵守当地关于工业厂房或商业用房的相关规定，以及特殊区域或行业的限制要求。
• 如对房屋合法性或规划用途有疑问，可咨询当地规划、建设、消防等部门或寻求专业律师的帮助。

可能面临的法律后果：

• 如果房屋违法或规划用途不符，可能面临行政处罚和民事责任。
• 如果因房屋问题导致承租方或第三方遭受损失，您可能需要承担赔偿责任。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。