针对您提出的“私立高中退学要补齐三年学费是否合法”的问题，我们可以从相关政策规定和实际操作层面进行详细分析。

首先，从政策规定来看，以《广东省民办义务教育收费管理办法》为例，它明确规定了学生在休学、退学或经批准转学的情况下，学校应在办理相关手续后的5个工作日内按一定规定退还所收费用。具体来说，如果学生因各种原因（非私自离校或触犯法律、法规）需要退学，学费和住宿费应按照学生实际在校时间进行清退。在校时间未满一个月的按一个月计算，清退标准根据学期或学年收费标准以及学生实际在校月数来确定。

其次，从实际操作层面来看，私立高中作为民办教育机构，其收费行为应受到相关政策的约束和规范。如果学校在学生退学时要求补齐三年学费，这显然与政策规定的“按实际在校时间清退”原则相违背。除非有特殊情况（如学生因违反校规校纪被开除等），但这种情况并不属于正常的退学范畴，且学校应提供明确的依据和合理的解释。

再者，我们还需要考虑到合同的约束力。如果学生在入学时与学校签订了包含退学条款的合同，并且合同中明确规定了退学时需要补齐学费的情况，那么学生可能需要按照合同约定来执行。但是，这种合同条款必须合法、合理且明确告知学生，否则可能被视为无效条款。

综上所述，私立高中在学生退学时要求补齐三年学费的做法，在大多数情况下是不合法的。除非有明确的合同约定且该约定合法、合理，否则学校应按照学生实际在校时间清退学费。如果您遇到了这种情况，建议您先与学校进行沟通协商，如果无法达成一致意见，可以向当地教育部门或相关监管机构进行投诉和举报。