在起诉期间，物业再进行强制拆除小区违章建筑，一般是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律程序角度
行政强制执行程序：根据《中华人民共和国行政强制法》的相关规定，行政机关作出强制执行决定前，应当事先催告当事人履行义务。当事人收到催告书后有权进行陈述和申辩。行政机关应当充分听取当事人的意见，对当事人提出的事实、理由和证据，应当进行记录、复核。当事人提出的事实、理由或者证据成立的，行政机关应当采纳。在起诉期间，即当事人已经对行政行为提起诉讼的情况下，行政机关通常应暂停强制执行，等待法院的判决结果。
司法审查优先：当违章建筑的所有权人或使用人对整改通知书提起诉讼时，法院将对行政行为的合法性进行审查。在司法审查期间，如果物业（或相关行政机关）擅自进行强制拆除，可能干扰司法程序，影响法院对案件的公正审理。
二、物业权利与义务角度
物业无强制执行权：物业作为小区的管理者，其职责主要包括维护小区的公共秩序、环境卫生等，但并不包括对违章建筑的强制拆除权。强制拆除违章建筑属于行政机关的职权范围，物业无权自行决定并执行。
物业应协助行政机关：在接到相关行政机关的整改通知或协助执行通知后，物业有义务配合行政机关的工作，如提供必要的信息、协助维持现场秩序等。但物业的协助行为应在法律框架内进行，不得超越其职权范围。
三、可能面临的法律后果
行政责任：如果物业在起诉期间擅自进行强制拆除，可能面临行政机关的处罚，如罚款、责令改正等。
民事责任：如果强制拆除行为给违章建筑的所有权人或使用人造成了损失，物业可能需要承担民事赔偿责任。
刑事责任：在极端情况下，如果物业的强制拆除行为构成了犯罪（如故意毁坏财物罪等），相关责任人员还可能面临刑事责任的追究。
四、建议与措施
等待法院判决：在起诉期间，建议各方耐心等待法院的判决结果。如果法院判决支持整改通知书的内容，那么相关行政机关可以在法律框架内进行强制执行。
依法维权：如果认为物业的强制拆除行为侵犯了自己的合法权益，违章建筑的所有权人或使用人可以依法向有关部门投诉或提起诉讼，维护自己的合法权益。
加强沟通与协调：在处理此类纠纷时，建议各方加强沟通与协调，尽量通过协商、调解等方式解决争议，避免矛盾升级和损失扩大。
如果有任何关于房产纠纷的法律问题，都可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。