结论前置：

1. 若公司规章制度或劳动合同明确规定请假需扣除公休，且该规定不违反法律强制性规定，则扣除公休可能被认定为合理；
   
2. 若公司无明确规定，或规定违反法律（如未保障劳动者休息权），则扣除公休的行为可能不合法。
   

详细分析

根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者享有休息权，用人单位不得随意剥夺。具体到“请假两天扣公休”的问题，需从以下角度分析：

1. 法律依据与合理性

• 公休（休息日）的性质：公休日是劳动者依法享有的休息时间，用人单位原则上不得安排工作。若劳动者在公休日请假，本质上是放弃休息权，而非“旷工”或“缺勤”，因此直接扣除公休日工资可能缺乏法律依据。
  
• 请假与工资扣除的关系：根据《工资支付暂行规定》，劳动者因个人原因请假（如事假），用人单位可不支付当天的工资，但不得额外扣除其他休息日的工资。例如，请两天事假，仅应扣除两天的工资，而非从公休日中抵扣。
  

2. 公司规章制度的合法性

• 规章制度需经民主程序：若公司通过民主程序（如职工代表大会）制定了“请假扣公休”的制度，且内容不违反法律强制性规定（如未低于最低工资标准），则可能被认定为有效。
  
• 但需注意限制：即使制度合法，扣除公休也应以“不损害劳动者基本休息权”为前提。例如，若劳动者当月已休满法定公休日，公司再额外扣除可能涉嫌违法。
  

3. 实践中的争议点

• “调休”与“扣公休”的区别：若公司允许劳动者用后续公休日抵消请假天数（即“调休”），则属于合理安排；但若直接扣除已享有的公休日工资，则可能被认定为克扣工资。
  
• 地方性规定差异：部分地区（如上海、广东）可能有更细化的规定，需结合当地劳动法规判断。
  

建议与风险提示

1. 核查公司制度：首先查看劳动合同、员工手册中是否明确约定“请假扣公休”，并确认制度是否经过民主程序公示。
   
2. 保留证据：若认为公司行为违法，可保留工资条、考勤记录、请假单等证据，向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
   
3. 协商优先：建议先与公司沟通，明确扣除依据，避免直接冲突。
   

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