结论前置：劳务派遣公司与用工单位在合同中约定由用工单位缴纳社会保险等费用，这一约定本身并不直接决定其是否受法律保护，关键在于该约定是否符合法律法规的强制性规定。若约定内容合法合规，则受法律保护；若违反法律法规，则该约定无效，不受法律保护。以下是对此问题的详细分析：
一、法律法规对劳务派遣中社会保险缴纳的规定
根据《中华人民共和国劳动合同法》及《劳务派遣暂行规定》等相关法律法规，劳务派遣单位作为用人单位，有义务依法为被派遣劳动者缴纳各项社会保险费用，包括养老、医疗、失业、工伤和生育保险。这是劳务派遣单位的法定义务，不得通过任何形式转嫁或逃避。
二、合同约定的合法性分析
合法约定：若劳务派遣公司与用工单位在合同中明确约定，由用工单位承担部分或全部社会保险费用，但这一约定并不免除劳务派遣单位作为用人单位的法定缴纳义务，且双方已通过合法方式（如额外支付费用给劳务派遣单位，由其代为缴纳）确保了社会保险费用的缴纳，那么这种约定在双方之间是有效的，且不违反法律法规的强制性规定，因此受法律保护。但需注意，这种约定不能对抗第三方（如社会保险经办机构），即不能因双方约定而免除劳务派遣单位向社会保险经办机构缴纳社会保险费的义务。
违法约定：若劳务派遣公司与用工单位在合同中约定，由用工单位直接缴纳社会保险费用，且该约定导致劳务派遣单位未履行其作为用人单位的法定缴纳义务，或者用工单位未实际缴纳社会保险费用，那么这种约定违反了法律法规的强制性规定，是无效的，不受法律保护。在这种情况下，劳务派遣单位仍需承担未缴纳社会保险费用的法律责任，包括补缴社会保险费用、支付滞纳金等。
三、法律建议
明确约定与实际操作：劳务派遣公司与用工单位在签订合同时，应明确约定社会保险费用的承担方式，并确保实际操作中符合法律法规的规定。若约定由用工单位承担部分或全部费用，应通过合法方式确保社会保险费用的缴纳，避免产生法律风险。
遵守法律法规：劳务派遣单位作为用人单位，应严格遵守法律法规的规定，依法为被派遣劳动者缴纳社会保险费用。用工单位也应积极配合，确保社会保险费用的及时缴纳。
及时咨询与处理：若双方在合同履行过程中出现争议或问题，应及时咨询专业律师或相关机构，寻求合法合规的解决方案，避免问题扩大化或产生不必要的法律风险。
综上所述，劳务派遣公司与用工单位在合同中约定由用工单位缴纳社会保险等费用时，应确保该约定合法合规，不违反法律法规的强制性规定。若约定合法且实际操作中符合规定，则受法律保护；若违反法律法规，则该约定无效且不受法律保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。