结论前置：员工上个月工资因休一天未扣款，而本月进行扣除，这种做法在法律上是否合理，主要取决于公司的规章制度以及是否提前告知员工。若公司规章制度明确规定了工资扣除的相关条款，并且已提前告知员工，那么这种扣除行为通常是合法的；反之，则可能涉及违法。
详细分析：
公司规章制度的角度：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，公司有权制定内部规章制度，包括工资支付、扣除等方面的规定。
- 如果公司的规章制度中明确规定了，因员工休假未出勤而应扣除的工资，可以在后续月份进行补扣，并且这一规定已经通过合法程序（如职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定）制定并公示，那么公司本月扣除员工上个月因休假未扣的工资，是合法的。
提前告知员工的角度：
- 除了规章制度本身合法外，公司还需要确保员工在入职时或规章制度变更时，已经明确知晓并同意这些规定。
- 如果公司未提前告知员工工资扣除的相关规定，或者员工对规定存在异议，那么公司单方面进行扣除可能构成违法。
实际操作中的合理性：
- 即便公司规章制度和提前告知都符合法律要求，实际操作中也需要考虑合理性。例如，如果扣除的金额过大，或者扣除方式不合理（如一次性扣除过多导致员工生活困难），可能引发劳动争议。
- 此外，公司应确保扣除的工资部分仅限于因员工休假未出勤而应减少的工资，不得包含其他无关费用或罚款。
法律建议：
对于公司：
- 确保公司规章制度合法合规，并通过合法程序制定和公示。
- 在入职培训或规章制度变更时，明确告知员工工资支付和扣除的相关规定。
- 实际操作中保持合理性，避免过度扣除或不当扣除。
对于员工：
- 如果对公司扣除工资的行为存在异议，首先查阅公司规章制度，了解相关规定。
- 如果认为公司扣除行为违法或不合理，可以与公司协商解决；协商不成的，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
可能后果：
- 如果公司扣除工资的行为违法或不合理，可能面临劳动监察部门的处罚，包括责令改正、罚款等。
- 员工也可能因此与公司产生劳动争议，影响公司声誉和员工关系。
举例说明：
假设某公司规章制度规定：“员工因休假未出勤的，其应减少的工资部分可在后续月份进行补扣。”并且这一规定已经通过合法程序制定并公示。员工A上个月因休假一天未扣工资，本月公司根据规定进行了补扣。这种情况下，公司的扣除行为是合法的。但如果公司未提前告知员工这一规定，或者扣除的金额超出了员工因休假应减少的工资部分，那么公司的扣除行为就可能构成违法。