结论前置：用人单位因员工怀孕辞职而扣回此前发放的福利共计5000元，一般不合法，但需结合具体情况分析。以下分情况说明：

1. 若福利属于“法定福利”或“劳动合同约定福利”

根据《劳动合同法》《妇女权益保障法》等规定，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳而降低工资、福利待遇或解除劳动合同。

• 法定福利（如社保、产假工资、生育津贴等）：用人单位无权扣回，扣回行为违法。
  
• 劳动合同约定福利（如年终奖、补贴等）：若合同未明确约定“离职即返还”，用人单位不得单方扣回；若合同有约定，但约定违反法律强制性规定（如歧视怀孕员工），该条款可能被认定无效。

2. 若福利属于“用人单位自主福利”且无明确约定

若福利是用人单位自主发放的（如节日礼品、额外补贴等），且劳动合同、规章制度中未明确“离职需返还”，则扣回行为缺乏依据，可能构成违法。

• 例外情形：若用人单位能证明福利发放时已明确告知“需在职满一定期限，否则返还”（如入职培训协议中的服务期条款），且该约定不违反法律，则可能合法。但此类约定通常不适用于“因怀孕辞职”的情形，因法律对孕期女职工有特殊保护。

3. 若扣款涉及“工资”或“经济补偿”

根据《工资支付暂行规定》，用人单位不得克扣劳动者工资。若扣回的5000元属于工资或应得的经济补偿，则用人单位行为违法，劳动者可要求足额支付并主张赔偿。

建议行动

1. 核查依据：要求用人单位出具扣款的书面依据（如合同条款、规章制度），判断其合法性。
   
2. 协商解决：与用人单位沟通，明确扣款理由，要求返还违法扣款。
   
3. 投诉或仲裁：若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁，主张返还扣款及可能的赔偿。

温馨提示：孕期女职工的权益受法律特殊保护，用人单位不得以任何理由歧视或变相降低待遇。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体细节。