结论：超过12小时的加班后辞职，是否有补偿需视具体情况而定，主要取决于加班的合法性、辞职的原因以及是否符合法律规定的补偿条件。以下从不同角度进行分析：
一、加班的合法性
合法加班：
- 根据《劳动法》的相关规定，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
- 如果加班符合上述规定，且用人单位已支付加班费或安排补休，那么劳动者因个人原因辞职，通常不涉及额外的补偿。
非法加班：
- 如果用人单位违反法律规定，强制劳动者加班超过法定时限，且未支付加班费或未安排补休，那么劳动者有权向劳动监察部门投诉，并可能因此获得相应的赔偿或补偿。
- 在此情况下，如果劳动者因非法加班而辞职，可以主张用人单位支付经济补偿金，具体数额根据劳动者在用人单位的工作年限和工资水平确定。
二、辞职的原因
个人原因辞职：
- 如果劳动者因个人原因（如家庭原因、职业规划等）辞职，且加班情况合法且已得到妥善处理，那么通常不涉及额外的补偿。
因用人单位过错辞职：
- 如果劳动者因用人单位的违法行为（如非法加班、未支付劳动报酬、未提供劳动保护等）而辞职，那么劳动者有权主张用人单位支付经济补偿金。
- 在此情况下，加班超过12小时且未得到合法处理，可能成为劳动者主张经济补偿金的理由之一。
三、法律规定的补偿条件
- 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位存在违法行为，劳动者解除劳动合同的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿。
- 经济补偿的计算标准通常根据劳动者在用人单位的工作年限和工资水平确定，具体为：每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
建议与行动
收集证据：
- 如果劳动者认为用人单位存在非法加班等违法行为，应首先收集相关证据，如加班记录、工资条、劳动合同等。
与用人单位协商：
- 在掌握一定证据后，劳动者可以尝试与用人单位协商解决争议，要求用人单位支付加班费、经济补偿金等。
申请劳动仲裁：
- 如果协商无果，劳动者可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
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