扣留员工部分提成用作保证金是不合理的，且可能违反相关法律法规。以下从不同角度对此问题进行分析：

一、法律角度

1. 工资支付义务：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，用人单位应当按时足额支付劳动者的工资，不得无故克扣或拖欠。提成作为劳动者劳动报酬的一部分，同样应受到保护，用人单位无权擅自扣留。

2. 保证金合法性：

   • 除非有明确的法律法规允许或双方有明确的约定（且该约定不违反法律法规的强制性规定），否则用人单位不得要求劳动者缴纳保证金或以任何形式扣留劳动者的工资作为保证金。
   • 实践中，扣留提成作为保证金往往缺乏明确的法律依据，且可能侵犯劳动者的合法权益。

二、实践角度

1. 影响员工积极性：

   • 扣留提成作为保证金可能降低员工的工作积极性和满意度，因为员工会感到自己的劳动成果没有得到应有的认可和回报。

2. 引发劳动纠纷：

   • 此类做法容易引发劳动纠纷，员工可能会通过法律途径维护自己的权益，如向劳动行政部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等。

3. 损害企业形象：

   • 扣留提成作为保证金的行为可能损害企业的形象和声誉，影响企业与员工之间的信任关系，进而对企业的长期发展产生不利影响。

三、建议与措施

1. 遵守法律法规：

   • 用人单位应严格遵守相关法律法规，按时足额支付劳动者的工资和提成，不得擅自扣留或以其他形式侵犯劳动者的合法权益。

2. 建立合理激励机制：

   • 用人单位可以通过建立合理的激励机制来激发员工的工作积极性和创造力，如设立奖金制度、提供晋升机会等，而不是通过扣留提成作为保证金的方式来管理员工。

3. 加强沟通与协商：

   • 如果用人单位确实需要采取某种措施来确保员工的稳定性或工作质量，应与员工进行充分的沟通和协商，达成双方都能接受的解决方案。

总结：扣留员工部分提成用作保证金是不合理的，且可能违反相关法律法规。用人单位应遵守法律法规，按时足额支付劳动者的工资和提成，并通过建立合理的激励机制和加强沟通与协商来管理员工。如果用人单位存在此类违法行为，员工有权通过法律途径维护自己的权益。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。