补充协议法人签字不盖章，在一般情况下是有效的，但也存在特殊情况下可能无效的风险。以下从不同角度为您详细分析：
一、一般情况下的有效性
法理依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第六十一条，法定代表人以法人名义从事的民事活动，其法律后果由法人承受。这意味着法定代表人签字的行为通常被视为法人的行为，对法人产生法律约束力。
- 《民法典》第四百九十条规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这表明签字和盖章都是合同成立的合法方式，并未要求必须同时具备。
具体解释：
- 在商业实践中，法定代表人的签字往往被视为法人对协议内容的认可和承诺。只要签字是真实的，且协议内容不违反法律法规的强制性规定，即使没有盖章，协议一般也是有效的。
- 法人签字代表法人的意思表示，能够证明协议是双方真实意愿的体现，因此具有法律效力。
二、特殊情况下的可能无效性
签字人非法定代表人：
- 如果签字人并非法人的法定代表人，且没有得到法人的明确授权，那么该签字行为可能无法代表法人的意志，协议对法人可能不具有约束力。例如，法人的普通员工在没有授权的情况下签订的补充协议，对法人可能无效，除非后续得到法人的追认。
协议中明确约定必须盖章才生效：
- 双方可以在补充协议中明确约定生效条件，如必须经法人盖章后才生效。这种约定体现了双方对合同生效条件的特别约定，应当遵循当事人的意思自治原则。若未满足约定的盖章条件，协议将不生效。
存在其他法定无效情形：
- 如协议内容违反法律法规的强制性规定、损害社会公共利益等，即使签字真实有效，协议也可能被认定为无效。
三、存在的风险及应对建议
存在的风险：
- 对方可能以未盖章为由主张协议无效，给协议的履行带来麻烦和争议。
- 如果协议中明确约定了必须盖章才生效，而仅有法人签字，则协议将无法生效，可能导致双方预期的法律效果无法实现。
应对建议：
- 明确约定：在签订补充协议时，双方可以明确约定签字和盖章具有同等的法律效力，或者明确约定在何种情况下协议生效，以避免因未盖章而产生的争议。
- 完善手续：为降低风险，建议在签订补充协议时同时加盖法人的公章并获取法定代表人的签字。这样做可以最大程度地保障协议的法律效力和双方权益。
- 协商解决：对于已经签订的只有法人签字而没有盖章的补充协议，双方应尽量通过协商等方式解决可能出现的问题，确保协议的顺利履行。如果无法协商一致，可以考虑通过法律途径解决争议。
总结来看，虽然补充协议只有法人签字没有盖章在一般情况下是有效的，但为了避免潜在的风险和争议，双方应谨慎处理签字和盖章问题。在签订协议时，最好同时加盖公章并获取法定代表人的签字，或者在协议中明确约定签字与盖章具有同等法律效力。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。